محمد مجتهد شبستری در سال [[۱۳۸۵]] بازنشسته شد. پس از بازنشستگی، دو دانشگاه از آلمان و اتریش جهت تدریس از وی دعوت به عمل آوردند ولی او به علت وضعیت نامساعد مزاجیجسمی آن دعوت‌ها را نپذیرفت. در سال ۱۳۸۶ آخرین نظریات وی در باب هرمنوتیک متون دینی اسلامی «قرآن» به صورت یک مقالهٔ مفصل با عنوان «قرائت نبوی از جهان» و یک مصاحبه با عنوان «هرمنوتیک، تفسیر دینی جهان» در شمارهٔ ۶ فصلنامهٔ مدرسه منتشر شد که مخالفتها و موافقت‌های دامنه‌داری را برانگیخت. در این مقاله و مصاحبه برای اولین بار وی این نظریه را مطرح کرد که قرآن کریم، «کلام نبوی» پیامبر اسلام هم هست، و لذا قرآن «محصول» وحی است، و نه خود وحی، و قرائتی است توحیدی از جهان «در پرتو» وحی.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده =محمد مجتهد شبستری |نشانی= http://mohammadmojtahedshabestari.com/articles.php?id=159&title=متن%20فارسی،%20آلمانی%20و%20عربی%20«قرائت%20نبوی%20از%20جهان%20(1)%20-%20کلام%20نبوی»|عنوان=
قرائت نبوی از جهان| ناشر = |تاریخ = |تاریخ بازبینی=}}</ref> بحثها و چالشهای انگیخته شده پیرامون این نظریّه، همچنان ادامه دارد. بسیاری آن مقاله را موجب توقیف [[نشریه مدرسه]] می‌دانند.<ref>{{یادکرد وب
