در فاصله سال‌های ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۰ و همزمان با کنگره یازدهم [[پرویز نیکخواه|نیکخواهنیک‌خواه]] و پارسانژاد دو عضو زندانی کنفدراسیون در تلویزیون ضمن تأیید حکومت شاهشاه، فعالیت‌های کنفدراسیون را اشتباه توصیف کردند و از یاران پیشین خود خواستند دست از مبارزه بردارند. واکنش کنفدراسیون به این دعوت، تشدید مبارزه با عنوان «به مبارزه خلق خدمت کنیم» بود. دانشجویاندانشجویان، سفارت ایران در وین و کنسولگری‌های ایران در مونیخ و سان‌فرانسیسکو را اشغال کردند. حکومت پهلوی در واکنش، کنفدراسیون را غیرقانونی و برای عضویت در آن سه تا ۱۰ سال حبس در نظر گرفت. برخی کنفدراسیونی‌ها در کنگره دوازدهم متأثر از این اقدام حکومت خواستار گنجاندن عبارت فعالیت در چارچوب قانون اساسی در خط‌مشی شدند که قاطبه اعضا این خواسته را رد کردند و در عوض خواسته تغییر بنیادی حکومت شاه از منشور حذف شد. در این دوره جبهه ملی مارکسیست‌شده جای پای خود را در کنفدراسیون محکم‌تر کرد و دو عضو از هیئت دبیران را به خود اختصاص داد. سه عضو دیگر همچنان مائوئیست بودند.<ref>نگاهی از درون به جنبش چپ ایران: گفتگو با خانبابا تهرانی، حمید شوکت، آل‍م‍ان، ۱۳۶۸</ref>
