پس از آن که [[سید محمد احمدی]]، استاندار فارس به دنبال حمله به اتومبیل حاوی [[علی مطهری]] در ۹ تیر ۱۳۹۴، استعفا کرد، نمایندگان این استان در اعتراض به معرفی گزینه جدید استانداری به‌صورت هماهنگ استعفا دادند و علی‌رغم اینکه انتصاب استاندار در حیطه اختیارات وزیر است، استدلال کردند که رحمانی فضلی با آنها برای انتصاب استاندار جدید مشورت نکرده است. آنها حتی معترض بودند که [[سید محمد علی افشانی]]، در میان فهرست پیشنهادی آنها قرار نداشته است. نمایندگان پا از این هم فراتر گذاشتند و طرح استیضاح وزیر کشور را به مجلس تقدیم کردند. وزارت کشور هم در ادامه این ماجرا از موضع خود کوتاه نیامد و سخنگوی آن ضمن دفاع از افشانی تأکید کرده بود انتصاب استاندار تنها در حیطه اختیارات وزیر کشور است و درنهایت هیئت دولت با معرفی وی به‌عنوان استاندار موافقت کرد. پس از انتصاب افشانی به‌عنوان استاندار فارس، آیت‌الله ایمانی نماینده ولی‌فقیه در استان فارس و آیت‌الله دستغیب نماینده استان فارس در مجلس خبرگان رهبری طی نامه‌ای از نمایندگان فارس در مجلس شورای اسلامی خواستند تا از طرح استیضاح وزیر کشور در صحن علنی مجلس جلوگیری شود. به‌این‌ترتیب کوتاه نیامدن وزارت کشور در این خصوص و نامه علمای استان سبب شد تا موضوع استیضاح وزیر در همین مرحله منتفی شود.<ref>[http://fararu.com/fa/news/240742/پایان-حاشیه‌های-عجیب-استانداری-فارس پایان حاشیه‌های عجیب استانداری فارس] ''فرارو''</ref> در نهایت با وجود مجادله چند روزهٔ وزارت کشور و نمایندگان فارس در ۲۴ تیر ۱۳۹۴، [[سید محمد علی افشانی]]، سیاستمدار اصلاح طلب و از چهره‌های نزدیک به [[سید محمد خاتمی]] به عنوان استاندار جدید فارس معارفه شد. در اجلاس معارفهٔ وی، رحمانی فضلی گفت: «برای انتخاب استاندار شاخص‌هایی چون قبول برنامه‌های دولت، مشی اعتدال، تجربه و کار جمعی را مدنظر قرار داده‌ایم.»<ref>[http://alef.ir/vdcfjjd0xw6dcxa.igiw.html?284040 روایت وزیر کشور از حاشیه‌های انتخاب استاندار فارس] ''الف''</ref>
=== مجادلهٔ رسانه‌ای با رئیس قوهٔ قضاییه در رابطه با موضوع بررسی صلاحیتها ===
در ۲ شهریور ۱۳۹۴، و در حالی که چند ماه به انتخابات مجلس شورای اسلامی باقی مانده بود، وزیر کشور اعلام کرد که همه سعی مان را می‌کنیم تا در این دوره از انتخابات «عدم احراز صلاحیت» نداشته باشیم. او در این رابطه اشاره کرد:
«در قانون به شکل شفافی تصریح شده که باید از کانال چهار مرجع ذی صلاح صورت بگیرد. از این چهار مرجع باید استعلام شود و آنها مستنداتشان را به شکلی مستدل به هیئت‌های اجرایی و نظارت جهت تصمیم‌گیری ارجاع دهند. در قانون به معترضین نظرات این چهار مرجع نیز وقت داده شده تا به نظرات آنها اعتراض کنند و ثبت نام کنندگان نیز امکان دفاع از خودشان را دارند. اگر همین اجرایی شود، دیگر در بررسی صلاحیتها مشکلی نخواهیم داشت. فرضاً اگر بنده را رد صلاحیت کنند و دلایلش را مثل «نامه اعمال» به دستم بدهند، یا بنده دفاعی از خودم دارم یا اینکه تسلیم می‌شوم. اما در نه دوره گذشته انتخابات مجلس شورای اسلامی، موارد بسیاری بوده که تنها به نظرات این چهار مرجع اکتفا نشده و در مواردی تأیید صلاحیت نامزدها از سوی این مراجع منجر به تأیید صلاحیت نهایی آنها نشده است.»<ref>[http://www.khabaronline.ir/detail/449332/Politics/election وزیر کشور: در انتخابات عدم احراز صلاحیت نداریم] ''خبر آنلاین''</ref> در حقیقت وزیر کشور اعلام کرد که در انتخابات پیش رو تنها به رأی و نظر چهار مرجع تأیید یا رد صلاحیت کننده، اکتفا می‌شود و صلاحیتها یا رد می‌شود و یا تأیید و چیزی به عنوان عدم احراز صلاحیت نداریم.
سخنان وزیر کشور با واکنش [[صادق آملی لاریجانی]]، رئیس [[قوه قضائیه ایران]] همراه شد. وی در این رابطه گفت: «گاهی حرف‌های عوامانه‌ای می‌شنویم نظیر اینکه آقایی که هم به دیانت و هم به انقلابی بودنش اعتقاد دارم، سخنی گفته که فقط از مجاری چهارگانه می‌توانیم نظارت کنیم. نظارت در شورای نگهبان از هر کانالی باشد انجام می‌گیرد. گفتند ما عدم احراز صلاحیت نداریم این چه حرف باطل و غلطی است و برای کسی است که قانون را نمی‌شناسد. اگر اینطور نباشد هرکسی در قانون وصفی را می‌آورد. بخشی که نظارت می‌کند باید احراز کند. اصل بر برائت است، حرفی عوامانه است. در قانون اوصاف را چیده‌اند و گفته‌اند که کاندیدا باید این اوصاف را داشته باشند. اگر شورای نگهبان بخواهد صلاحیتها را تأیید کند، باید اوصاف را احراز کند؛ بنابراین ما عدم احراز صلاحیت هم داریم.»<ref>[http://www.entekhab.ir/ شورای نگهبان محکم بایستد / این چه حرف غلطی است که می‌گویند «ما عدم احراز صلاحیت نداریم» / این حرف‌ها واقعاً عوامانه است / فتنه گران با تغییر رنگ و لعاب و تأسیس احزاب به فکر حضور در انتخابات هستند] ''انتخاب''</ref>
رحمانی فضلی به سخنان رئیس [[قوه قضائیه ایران]] واکنش نشان داد و گفت: «به نظر من ایشان گزارش را خودشان نخوانده‌اند و به ایشان اطلاع داده‌اند. من گفتم عدم احراز صلاحیتی که مبتنی بر عدم تحقیق باشد درست نیست که همچنان به نظر من درست نیست. در هر آزمون دیگری، اگر نمره نیاوردید قبول است اما نمی‌شود گفت ما وقت نداریم و از شما امتحان نمی‌گیریم؛ بنابراین عدم احراز صلاحیتی که مبتنی بر عدم تحقیق باشد، مورد قبول نیست. ما خودمان از آقای آملی و منبرهای علما یادگرفتیم که اصل بر برائت است. ما نمی‌توانیم همه را مجرم بدانیم مگر اینکه عکسش ثابت شود. ما همه را مبری می‌دانیم مگر اینکه خلافش ثابت شود. حتی کارهای روزانه ما بر اساس اعتماد است. ایشان رئیس قضات ما و رفیق ماست. باز بیشتر توضیح دهند اگر توضیحات قانع کننده بود ما می‌پذیریم. نظارت استصوابی در قانون است و کسی آن را نفی نمی‌کند. کسی معترض آن نیست. دخالت اجرا در نظارت را هیچ‌کس نمی‌پذیرد. بر عکس هیچ‌کس دخالت نظارت در اجرا را نیز نمی‌پذیرد. مسائل کاملاً روشنی است و کافی است حسن نیت داشته باشیم. کافی است که با ادب با یکدیگر حرف بزنیم و یکدیگر را عوام خطاب نکنیم. به نظر من کم صبری است که ما یکدیگر را متهم می‌کنیم به چیزی که شئونات اسلامی نمی‌پذیرد.»<ref>[http://www.entekhab.ir/fa/news/222382 وزیر کشور: ما از آقای آملی و منبرهای علما یادگرفتیم که اصل بر برائت است / من در برابر عظمت هستی عوام هستم] ''انتخاب''</ref>
