خاتمی در دوره دوم ریاست جمهوری در ضمن تلاش بسیاری برای تصویب [[لوایح دوگانهدوقلو]] اصلاح قانون انتخابات و تبیین اختیارات ریاست جمهوری داشت که بارها به جرم مغایرت با شرع و قانون اساسی توسط [[شورای نگهبان]] قانون اساسی رد شد. در اواخر دوران ریاست جمهوری خاتمی، انتخابات مجلس هفتم برگزار شد که رد صلاحیت گسترده نامزدهای [[اصلاح طلب]] از سایر مشکلات او بود. در پایان دوره اول ریاست جمهوری سید محمد خاتمی به ویژه پس از ماجرای کوی دانشگاه بسیاری او را به پرگویی متهم می‌کردند. به هنگام انتخابات ریاست جمهوری دوره هشتم به سال ۱۳۸۰، اما، پژواک فریادهای خاتمی از دهان نامزدهای ریز و درشت مخالف او به گوش می‌رسید تا نشان از اثرگذاری دراز مدت منش و روش خاتمی باشد. خاتمی در این دوره با ۲۲ میلیون رای برای بار دوم به ریاست جمهوری ایران رسید. با شروع دور دوم ریاست بر [[قوه مجریه]] موج انتقادات به محمد خاتمی نیز بالا گرفت. خاتمی در معرفی کابینه دوم [[دوره ششم مجلس شورای اسلامی|مجلس اصلاح طلب ششم]] را در کنار خود می‌دید. با گذشت زمان، گویی اقبال مردم به خاتمی، در حال تحلیل رفتن بود. کناره گیری مردم از سیاست ورزی موجب شد تا در یکی از آزادترین انتخابات برگزار شده در جمهوری اسلامی، کمترین میزان مشارکت مردمی به ثبت برسد تا در [[انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا (۱۳۸۱)|انتخابات شوراهای اسلامی شهر و روستا ۱۳۸۱]] [[اصولگرایان]] در تهران به پیروزی دست یابند. در سال ۱۳۸۳، پیشروی مخالفان خاتمی تا آنجا ادامه یافت که رئیس قوه مجریه ترجیح داد لوایح دوگانه اختیارات ریاست جمهوری را با اعتراض و برای پرهیز از تنش بیشتر، از مجلسی که اکثریت آن در اختیار مخالفان اصلاحات بود، بازپس بگیرد. در بعد اقتصاد، با این حال بسیاری از تحلیلگران اقتصادی همچنان از آثار دراز مدت و کلان سیاست‌های اقتصادی خاتمی دفاع کرده و به او نمره قبولی دادند. در عرصه سیاست خارجی، در دو سال پایانی ریاست جمهوری خاتمی، بحران هسته‌ای موقعیت رو به تثبیت ایران در عرصه جهانی را بار دیگر متزلزل کرد. ماجرای مرگ مشکوک [[زهرا کاظمی]]، پرونده حقوق بشر ایران و وضعیت بحرانی [[اکبر گنجی]] تلاش‌های خاتمی را برای تغییر نگاه جهانی به ایران کم اثر کرده است.<ref>[http://www.ettelaat.net/04-05/g_a_d_m_g_m_m.htm اسرار تازه‌ای از قتل زهرا کاظمی]</ref>
خاتمی در واپسین ماه‌های ریاست جمهوری اش در جمع دانشجویان در [[دانشگاه تهران]] مورد انتقاد قرار گرفت و سرانجام به خشم آمد. در پاسخ به دانشجویی که با لحنی تند از او سراغ وعده‌های عمل نشده اش را می‌گرفت، خاتمی به خود پرسش کننده اشاره کرد و گفت: {{نقل قول|من قول داده بودم که شما روبروی رئیس جمهوری خود بایستید و از او انتقاد کنید. به این قول خود عمل کردم.<ref>[http://www.bbc.com/persian/iran/story/2005/08/050801_pm-mv-khatami-profile.shtml خاتمی؛ از ریاست مرکز اسلامی هامبورگ تا ریاست جمهوری اسلامی ایران]</ref><ref>[http://etedaal.ir/fa/news/23981/مقایسه‌دوره-دوم-خاتمی-با-دوره-دوم-احمدی‌نژاد مقایسه دور دوم خاتمی و احمدی‌نژاد]</ref>}}
