در مرحله اول لازم است تا نمونه‌ها آماده شوند. نمونه‌ها ممکن است پروتئین یا نوکلئیک اسید باشند و از [[پروکاریوت]]، [[یوکاریوت]]، بافت، [[ویروس]] یا نمونه‌های محیطی گرفته شده باشند و یا پروتئین‌های خالص باشند.
اگر نمونه مورد نظر درون بافت یا سلول باشد به منظور دسترسی به نمونه‌ها از روش‌های مکانیکی و یا ترکیبی از روش‌های بیوشیمیایی و مکانیکی استفاده می‌گردد. دستگاه‌هایی مانند '''هموژنایزر'''، '''سونیکیتور'''، '''سانتریفیوژ''' و '''فیلتراسیون''' در این زمینه کاربرد زیادی دارند. سپس در صورت نیاز نمونه‌ها با یک ماده شیمیایی دناتوره کننده (مانندSDS برای پروتئین‌ها و اوره برای اسیدهای نوکلئیک) ترکیب می‌شوند. با افزودن SDS به پروتئین ساختارهای دوم، سوم و چهارم از بین رفته و پروتئین به شکل پلی پتید خطی در می‌آید. با گرم کردن نمونه‌ها (تا حدود ۶۰ درجه سانتی گراد) دناتوراسیون تسهیل می‌گردد.<ref>5- Shapiro AL; Viñuela E; Maizel JV Jr. (September 1967). "Molecular weight estimation of polypeptide chains by electrophoresis in SDS-polyacrylamide gels.". Biochem Biophys Res Commun. 28 (5): 815–820. PMID 4861258. doi:10.1016/0006-291X(67)90391-9.</ref><ref>6- Weber K, Osborn M (August 1969). "The reliability of molecular weight determinations by dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis.". J Biol Chem. 244 (16): 4406–4412. PMID 5806584.</ref><ref>7- Laemmli UK (August 1970). "Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4". Nature. 227 (5259): 680–685. PMID 5432063. doi:10.1038/227680a0.</ref><ref>8- Caprette, David. "SDS-PAGE". Retrieved 27 September 2009.</ref> همچنین به منظور ردیابی نمونه‌ها در ژل، به آنها رنگ افزوده می‌شود.
