مدرسه عالی در مقطع [[لیسانس]] در رشتههای ([[فقه و حقوق اسلامی]]، [[فلسفه و حکمت اسلامی]]، [[روانشناسی اسلامی]]) و در مقطع [[فوق لیسانس]] در رشتههای (فقه و [[حقوق خصوصی]]، فقه و [[حقوق جزا]]، فقه وحقوق اسلامی، فلسفه و حکمت اسلامی) و مقطع دکتری تخصصی (phd) دررشتههای (فقه و [[حقوق خصوصی]]، فقه و [[حقوق جزا]]، [[فلسفه تطبیقی]] و [[کلام اسلامی]]) به صورت غیر متمرکز (ابتدا آزمون سراسری،آزمونسراسری، آزمون کتبی ورودی خود دانشگاه، سپس مصاحبه علمی و گزینش) دانشجو میپذیرد. در این دانشگاه دانشجویان پسر و دختر به صورت جدا و در دو مکان مجزا تحصیل میکنند و (فقه و اصول) و (حقوق) بطور تلفیقی به دانشجویان ارائه میگردد، لذا دانش آموختگان آن از صلاحیتهای لازم علمی و اجرایی درهر دو زمینه برخوردار خواهند بود. به علاوه دانشجویان پذیرفته شده در این دانشگاه طلاب علوم دینی محسوب شده و در مقطع لیسانس پس از پایان دوره تحصیلی، مدرک پایه ۶ (سطح یک حوزه) و در مقطع فوق لیسانس مدرک پایه ۹(سطح دو حوزه) دریافت مینمایند. همچنین برادران در صورت تمایل در پایان تحصیلات می توانندمیتوانند ملبس به لباس مقدس روحانیت شوند.
مدرسه عالی شهید مطهری از ابتدای انقلاب اسلامی محل پرورش بسیاری از کارگزاران جمهوری اسلامی بوده و بسیاری از فرزندان مقامات ارشد جمهوری اسلامی در این محل تحصیل نمودهاند
از فارغ التحصیلان این مجموعه می توانمیتوان از افراد زیر نام برد: سید مسعود خامنه ای (فرزند سید علی خامنه ای رهبر ایران) مرتضی اشراقی (نوه روح اللهروحالله خمینی رهبر پیشین ایران) )ابراهیم رییسی (معاون اول قوه قضاییه) محسن اسماعیلی( (عضو حقوقدان شورای نگهبان) سید احمد موسوی( (سفیر ایران در سوریه)شهید صادق کنجی (رایزن فرهنگی ایران در پاکستان) علی خلفی (مشاور و رییسرئیس حوزه ریاست قوه قضاییه) علی دارابی-(معاون سیمای صدا و سیمای جمهوری اسلامی) یدالله حبیبی (معاون عقیدتی و سیاسی وزارت دفاع) محمد روشن (معاون وزارت دفاع) سید مهدی خاموشی ( رییسرئیس سازمان تبلیغات اسلامی) محمود بریمانی (مدیر کل سازمانهای تخصصی و اقتصادی وزارت امور خارجه) مجتبی فردوسی پور (مدیر کل اداره دوم خاور میانه (خلیج فارس) وزارت امور خارجه) علی مژدهی پور ( رییسرئیس سازمان تعزیرات حکومتی) محمد بهرامی (عضو مجلس خبرگان رهبری) محمد جواد حاج علی اکبری (معاون سابق رییسرئیس جمهور و رییسرئیس سازمان ملی جوانان) احمد مومنیمؤمنی راد (مشاور ارشد وزیر و مدیر کل حوزه وزارت در وزارت علوم) محمد ابراهیم محمدی( (معاون وزارت نفت قاسم شعبانی - از وکلای بین الملی جمهوری اسلامی) محمد مهدی اسماعیلی -(معاون سیاسی و امنیتی استانداری اصفهان.). سپهر خلجی (مدیرکل روابط عمومی دفتر رهبری) )حسن رضازاده (رایزن فرهنگی ایران در روسیه) اقایان ملا حسینی,حسینی، نفر,نفر، بیات,بیات، محمدی,محمدی، رستمی و ...… از دیپلمات هایدیپلماتهای ارشد وزارت خارجه و نیز تعدادی دیگر از قضات و مدیران عالی رتبهعالیرتبه و میانی حکومتی که در این محل تحصیل نموده اندنمودهاند نام برد.
در ۲۴ فروردین ۱۳۸۹، شورای عالی انقلاب فرهنگی، نام مدرسه عالی را به دانشگاه تغییر داد. این تغییر با مخالفت بسیاری از دانشآموختگان مدرسهٔ عالی شهید مطهری مواجه شد.{{مدرک}}