وی در سال ۱۳۸۴ (۲۰۰۵م) با خانواده‌اش به ایران برگشت و از آن پس مدتی در حبس خانگی در [[قم]] به سر می‌بردبرد. در ماه ژوئن ۲۰۰۶ در مصاحبه با تلویزیون [[العربیه]] وی از حملهٔ نظامی آمریکا به ایران برای آزادسازی ایران حمایت کرد و گفت: «آزادی باید از هر راهی وارد ایران شود چه از طریق تحولات داخلی چه خارجی.» او آزادی از قید حکومت جمهوری اسلامی را «تولدی دیگر» خوانده بود.<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://ummahnewslinks.com/2006/06/14/khomeinis-grandson-topple-iran-clerics.aspx| عنوان = Khomeini's grandson: Topple Iran clerics| تاریخ بازدید = | زبان = انگلیسی| نشانی بایگانی = http://web.archive.org/web/20070822012920/http://ummahnewslinks.com/2006/06/14/khomeinis-grandson-topple-iran-clerics.aspx| تاریخ بایگانی = Aug 22, 2007}}</ref>
وی پس از مدتی با پیگیری برخی از جمله پسر عمویش حسن خمینی به درس در حوزه علمبه قم بازگشت.
وی در ایران اخیراً وعده بیان ناگفته‌هایی را در مورد علت مرگ پدرش و اتفاقات اوایل انقلاب داده است.
