در ۱۳ آذر سال ۱۳۷۷ یک[[اکبر گنجی]] [[نویسنده]]، [[روزنامه‌نگار]] و [[فعال سیاسی]] [[ایرانی]] به نام [[اکبر گنجی]] کهو عضو سابق [[سپاه پاسداران انقلاب اسلامی|سپاه پاسداران]] بود اماکه بعدها به سیاست‌های جمهوری اسلامی اعتراض کرد.کرد،<ref>[http://www.asriran.com/fa/news/126297/محسن-رضایی-در-جبهه-خودی-ها-امثال-اکبر-گنجی-پیدا-شده-است محسن رضایی: در جبهه خودی‌ها امثال اکبر گنجی پیدا شده است]</ref><ref>[[news.gooya.com/politics/pdf/AG09202013.pdf|مهدی دیباج]]</ref> در مقاله‌ای در روزنامه آریا اعلام کرد که وزارت اطلاعات کشیشان مسیحی را که [[نظام سیاسی]] [[ولایت فقیه]] را قبول نداشته‌اند کشته و تقصیر آن قتلها را به گردن [[سازمان مجاهدین خلق ایران|مجاهدین خلق]] انداخته است. اکبر گنجی اعلام کرده بود که وزارت اطلاعات این [[قتلهای زنجیره‌ای|قتلها]] را به این دلیل انجام می‌داده است که از یکسو نظام جمهوری اسلامی را از [[روحانیون]] [[مسیحی]] خلاص می‌کند و از سوی دیگر سازمان مجاهدین را بی آبرو می‌کند. قبل از اکبر گنجی عضو [[مجمع تشخیص مصلحت نظام]] که [[وزارت کشور|وزیر کشور]] هم بود و همچنین شماری از [[مطبوعات]] جمهوری اسلامی به روشنی اعلام کردند که قتل [[کشیشیان|کشیشان]] مخالف نظام توسط وزارت اطلاعات صورت گرفته‌است.<ref>[https://www.mojahedin.org/events/5004/کشیش-مهدی-دیباج-به- کشیش مهدی دیباج]</ref>
در مقاله‌ای در روزنامه آریا اعلام کرد که وزارت اطلاعات کشیشان مسیحی را که [[نظام سیاسی]] [[ولایت فقیه]] را قبول نداشته‌اند کشته و تقصیر آن قتلها را به گردن [[سازمان مجاهدین خلق ایران|مجاهدین خلق]] انداخته است. اکبر گنجی اعلام کرده بود که وزارت اطلاعات این [[قتلهای زنجیره‌ای|قتلها]] را به این دلیل انجام می‌داده است که از یکسو نظام جمهوری اسلامی را از [[روحانیون]] [[مسیحی]] خلاص می‌کند و از سوی دیگر سازمان مجاهدین را بی آبرو می‌کند. قبل از اکبر گنجی عضو [[مجمع تشخیص مصلحت نظام]] که [[وزارت کشور|وزیر کشور]] هم بود و همچنین شماری از [[مطبوعات]] جمهوری اسلامی به روشنی اعلام کردند که قتل [[کشیشیان|کشیشان]] مخالف نظام توسط وزارت اطلاعات صورت گرفته‌است.<ref>[https://www.mojahedin.org/events/5004/کشیش-مهدی-دیباج-به- کشیش مهدی دیباج]</ref>
حکومت ایران اما سازمان مجاهدین را مسوول قتل وی می‌داند. در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۷۳ برنامه تلویزیونی با عنوان «سه عضو دستگیرشدهٌ گروهک منافقین، عاملان قتل کشیش میکائیلیان و بمب‌گذاری در حرم‌های حضرت معصومه و امام خمینی» پخش شد. ۲۵ تیر خبرگزاری رویتر: «یک مقام اطلاعاتی گفت ایران سلاح‌ها و اعلامیه‌های تبلیغاتی مرتبط به یک گروه اپوزیسیون مستقر در عراق را در خانه‌ای پیداکرده که مورداستفاده زنان دستگیرشده به اتهام قتل دو روحانی و طرح بمب‌گذاری‌ها بوده‌است.»
