در سالهایسالهای اخیر، سخنان و دیدگاههای او ستیزه و جنجال به پا کرده و گفته میشود که وی با کم شدن محبوبیت روبرو شدهاست.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://ir.voanews.com/content/dna-nobel-watson-science-racist/2543746.html |عنوان=پدر دی ان ای، جایزه نوبل خود را به خاطر بیپولی به فروش گذاشت | ناشر = صدای آمریکا|تاریخ = |تاریخ بازبینی=۴دسامبر۲۰۱۴}}</ref>دیدگاهها و نظرات واتسون توجه و انتقادهایی بیشتر در انگلستان به خود جلب کرد. واتسون عنوان نموده که هدف او برای ترویج دانش است و نه [[نژادپرستی]]، اما برخی از آمفیتئاترهای انگلستان حضور وی را لغو نمودند<ref name="Museum Drop">[http://news.bbc.co.uk/2/hi/uk_news/england/london/7050020.stm "Museum drops race row scientist"], [[BBC]], October 18, 2007. بازبینی ۴دسامبر۲۰۱۴.</ref> و او در ادامه مجبور به لغو بقیه تور علمی خود شد.<ref name="MSNBC">[http://www.msnbc.msn.com/id/21362732/ "Race remarks get Nobel winner in trouble"], ''MSNBC and AP'', October 18, 2007. Retrieved October 18, 2007.</ref><ref name="Syal">Syal, R. [http://www.timesonline.co.uk/tol/news/uk/science/article2687364.ece "Nobel scientist who sparked race row says sorry - I didn't mean it"], ''Times Online'', October 19, 2007. بازبینی ۴دسامبر۲۰۱۴.</ref>
واتسون در سال ۲۰۰۷ در مصاحبهای گفت :«ذاتا نسبت به آینده آفریقا بدبینام» زیرا «تمام سیاستهای اجتماعی ما بر اساس این واقعیت بنا شده است که هوش آفریقاییها هم سطح ماست در حالی که تمام تستها نشان میدهد که واقعا اینطور نیست.» او با اشاره به اینکه امیدوار بوده است که همه برابر باشند گفته بود افرادی که با کارکنان سیاهپوست کار می کنند فهمیدهاند که این فکر نادرست است.<ref>{{یادکرد وب|وبگاه=fa.euronews.com|نشانی=https://fa.euronews.com/2019/01/13/nobel-prize-winning-scientist-stripped-of-last-honorary-titles-over-racist-comments|بازبینی=2019-01-14}}</ref>
در سال 2019 واتسون در فیلم مستند «استادان آمریکایی: رمزگشایی از واتسون» گفت: ژنها باعث تفاوت در میزان هوش سیاهپوستان و سفیدپوستان میشود و متوسط آیکیوی سیاهان و سفیدها با هم متفاوت است.<ref name=":0">{{یادکرد وب|وبگاه=fa.euronews.com|نشانی=https://fa.euronews.com/2019/01/13/nobel-prize-winning-scientist-stripped-of-last-honorary-titles-over-racist-comments|بازبینی=2019-01-14}}</ref> به دنبال اظهارات نژادپرستانه وی در این مستند «لابراتور کولد اسپرینگ هاربر» در آمریکا که برای سالها ریاستش بر عهده جیمز واتسون بوده است، در بیانیهای علاوه بر قابل سرزنش دانستن اظهارات بدون پشتوانه علمی واتسون، اعلام کرد که این دانشمند را به دلیل اظهارات بدون پشتوانه علمی و بی خردانه از عناوین افتخاریش مانند شانسلر امریت و دیگر عناوینش محروم میکند.<ref name=":0" /><ref>{{یادکرد خبر|کوشش=BBC News فارسی|تاریخ=2019-01-13|عنوان=جیمز واتسون بعد از اظهارات تازه درباره نژاد عناوین افتخاری را از دست داد|نشانی=http://www.bbc.com/persian/world-46859014|زبان=en-GB|تاریخ بازبینی=2019-01-14}}</ref>