سه ماه پس از [[بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران|همه‌پرسی قانون اساسی]] بازنگری شده در مرداد ماه سال ۶۸ و پس از فوت روح‌الله خمینی و انتخاب علی خامنه‌ای به رهبری جمهوری اسلامی ایران، وی در حکمی [[دکتر حسن روحانی]] را که آن زمان رئیس کمیسیون دفاعی [[مجلس سوم]] بود به همراه [[سیداحمد خمینی]] که همواره در جلسات سران قوا در زمان رهبری روح‌الله خمینی نیز شرکت داشت به مدت سه سال به عنوان نمایندگان خود در شورای عالی امنیت ملی انتخاب کرد و [[هاشمی رفسنجانی]] رئیس‌جمهور وقت نیز دکتر حسن روحانی را به سمت [[دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران|دبیری شورا]] که مسئولیت دبیرخانه و امور اداری و اجرایی شورا را عهده‌دار است منصوب کرد. مهمترین اقدام [[دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران|دبیرخانه شورا]] در این زمان بررسی اجرای [[قطعنامه ۵۹۸]] و مسئله آزادی اسرا بود. در تاریخ ۲۱ دی ماه سال ۷۱ این حکم برای سید احمد خمینی و حسن روحانی در حالی برای سه سال دیگر تمدید شد که احمد خمینی عضو [[مجمع تشخیص مصلحت نظام]] شده و حسن روحانی نایب رئیس [[ناطق نوری]] در [[مجلس چهارم]] بود و همچنان از سوی هاشمی رفسنجانی در سمت دبیری شورا باقی ماند. احمد خمینی در ۲۵ اسفندماه سال ۱۳۷۳ در گذشت و با فوت او یکی از کرسی‌های نمایندگی رهبری در شورای عالی امنیت ملی خالی ماند تا اینکه رهبر جمهوری اسلامی در ۱۳ دی ماه سال بعد همزمان با تمدید دو ساله حکم حسن روحانی، علی لاریجانی را که چند ماهی بود به ریاست [[سازمان صدا و سیما]] منصوب شده بود برای دوره‌ای دو ساله به عنوان دومین نماینده خود در شورا انتخاب کردندکرد. در این دوره با وجود برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب مجدد هاشمی رفسنجانی به این سمت، دکتر حسن روحانی با حکم وی همچنان [[دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران|دبیر شورای عالی امنیت ملی]] باقی ماند.
دوم خرداد ۷۶ با برگزاری هفتمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، [[محمد خاتمی]] به این سمت برگزیده شد و او نیز همچون ۸ سال قبل از آن، حسن روحانی را که آن زمان در مجلس پنجم نایب رئیس ناطق نوری بود به عنوان [[دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران|دبیر شورای عالی امنیت ملی]] منصوب کرد،کرد. در این دوره نیز روحانی و لاریجانی همچنان نمایندگان رهبری در شورا بودند.
پس از مشخص شدن نتیجه انتخابات ریاست جمهوری نهم و روی کار آمدن محمود احمدی‌نژاد یکی از تغییرات مسلم و قابل پیش بینی، [[دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران|مسئولیت دبیری شورای عالی امنیت ملی]] بود که در دو سال آخر مسئولیت روحانی کار مذاکرات هسته‌ای نیز به آن محول شده و در این زمینه انتقادات زیادی را تحمل می‌کرد. چند روز پس از تنفیذ حکم ریاست جمهوری احمدی‌نژاد در ۳۰ مرداد ۸۴ با برگزاری مراسم تودیع روحانی و معارفه علی لاریجانی به عنوان دبیر جدید شورای عالی امنیت ملی، از این پس روحانی فقط نماینده رهبر انقلاب در شورا بود و لاریجانی علاوه برداشتن نمایندگی ایشاناو مسئولیت دبیر خانه را نیز بر عهده داشت که باید مذاکرات هسته‌ای را نیز هدایت می‌کرد ضمن اینکه در این دوره باارسال پرونده هسته‌ای ایران از شورای حکام به شورای امنیت گروه ۱+۵ شامل [[آمریکا]]، [[انگلستان]]، [[روسیه]]، [[چین]]، [[فرانسه]] و [[آلمان]] شکل گرفت و فصل جدیدی در این پرونده رقم خورد. اختلافات میان لاریجانی و احمدی‌نژاد در این زمان بالا گرفت تا جایی که سرانجام رئیس‌جمهور وقت با استعفای وی موافقت و از مهرماه سال ۸۶ سعید جلیلی را که سابقه حضور در [[وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی ایران|وزارت خارجه]] هم داشت به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی منصوب کرد. در دوره جلیلی مذاکرات هسته‌ای ایران با گروه ۱+۵ آغاز شد و وی برای اولین بار در کنفرانس ژنو ۱ در ۲۹ تیر ۱۳۸۷ مقابل [[خاویر سولانا]] و نمایندگان ۶ کشور قرار گرفت. از سوی دیگر علی لاریجانی نیز که در انتخابات مجلس هشتم در زمستان ۸۶ از حوزه قم پیروز شده بود، خرداد ماه سال بعد کرسی ریاست مجلس را گرفت و لاریجانی عملاً به عنوان رئیس قوه مقننه و به عنوان شخصیت حقوقی به شورای عالی امنیت ملی راه یافت تا یک کرسی از دو جایگاه نمایندگی رهبری در شورا خالی شود و رهبر در هشتم تیر ماه ۸۷ سعید جلیلی را پس از ۹ ماه دبیری شورا به عنوان نماینده خود در شورای عالی امنیت ملی نیز منصوب کند. جلیلی پس از انتخابات ریاست جمهوری ۸۸ نیز همچنان با نظر موافق احمدی‌نژاد مسئولیت دبیرخانه شورا را بر عهده داشت تا زمان انتخابات یازدهمین دوره ریاست جمهوری رسید و سعید جلیلی در این دوره به فکر امتحان کردن شانس خود در رسیدن به ریاست دولت یازدهم افتاد.
مناظرات و بحث‌های انتخاباتی این دوره که به شکلی به رقابت میان روحانی وجلیلی بر سر نحوه اداره مذاکرات هسته‌ای تبدیل شده بود تقریباً همه را مطمئن کرد که با انتخاب روحانی به عنوان رئیس‌جمهور، جلیلی آینده‌ای در دبیرخانه ندارد و سرانجام [[مهدی کمائی|امیر دریابان علی شمخانی]] وزیر دفاع ۸ ساله خاتمی و فرمانده نیروهای دریایی سپاه و ارتش در سالهای گذشته، با حکم حسن روحانی رئیس‌جمهور، دبیر شورای عالی امنیت ملی شد. با حضور روحانی در مسند ریاست جمهوری بار دیگر مسئله لاریجانی تکرار و روحانی از منظر حقوقی عضو شورا شد و از دو کرسی نمایندگی رهبری یک کرسی جای خالی پیدا کرد به همین دلیل مقام رهبریرهبر در ۲۱ شهریور سال جاری ضمن تشکر از زحمات ۲۴ساله روحانی در سمت نمایندگی ایشان،او، علی شمخانی را برای دوره‌ای سه ساله در این سمت منصوب کرد و سعید جلیلی هم که از سال ۹۰ به دلیل مسئولیت دبیری شورا، عضو حقوقی مجمع تشخیص مصلحت بود از سوی رهبریرهبر به عضویت حقیقی مجمع تشخیص مصلحت درآمد. در این میان، هم‌زمانی انتصاب شمخانی به عنوان نماینده رهبریرهبر در شورای عالی امنیت ملی و سعید جلیلی به عنوان عضو حقیقی مجمع تشخیص مصلحت نظام به اشتباه این گمان و تحلیل را در برخی رسانه‌ها به وجود آورد که انتصاب جلیلی به عنوان عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام به این معناست که وی دیگر عضو شورای عالی امنیت ملی نیست. این در حالی است که سعید جلیلی همچنان نماینده رهبر در این شورا بوده و مطابق حکم دریافتی از ایشاناو این نمایندگی همچنان ادامه دارد.<ref name="khorasannews.com" />
