در سال ۱۳۸۹ طی حکمی از سوی [[علی فتح‌الله‌زاده]] [[مدیر عامل]] وقت، رفیعی به عنوان مشاور وی و دبیر کمیته فنی باشگاه استقلال تهران شدانتخاب گردید.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.entekhab.ir/fa/news/23965/انتقاد-شدید-ناصر-حجازی-از-شرایط-اقتصادی-کشور-مگر-بی‌غیرتم-چیزی-نگویم |عنوان=انتقاد شدید ناصر حجازی از شرایط اقتصادی کشور: مگر بی‌غیرتم چیزی نگویم؟| ناشر =سایت انتخاب |تاریخ = |تاریخ بازبینی=}}</ref> با درگذشت ناصر حجازی که ریاست این کمیته را بر عهده داشت، مسوولیت وی در استقلال تغییر کرد و وی عهده‌دار سمت‌هایی چون: [[مدیریت استراتژیک]] و کیفیت، نماینده مدیر عامل در حرفه‌ای‌سازی باشگاه و مدیر مجموعه ورزشی مرغوبکار شد.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.esteghlaltehranfc.com/fa/news/28710/امیر-رفیعی-به-عنوان-مدیر-مجموعه-مرغوبکار-انتخاب-شد |عنوان=امیر رفیعی به عنوان مدیر مجموعه مرغوبکار انتخاب شد | ناشر =سایت کانون هواداران باشگاه استقلال |تاریخ = |تاریخ بازبینی=}}</ref> با روی کار آمدن [[بهرام افشارزاده]] به عنوان مدیر عامل باشگاه استقلال تهران در اردیبهشت ماه ۱۳۹۳، او از سوی ایشان به عضویت کمیته فرهنگی درآمد<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.mehrnews.com/news/2323148/صدور-احکام-گسترده-در-باشگاه-استقلال-نوروزی-سرپرست-کمیته-پزشکی |عنوان=صدور احکام گسترده در باشگاه استقلال| ناشر =خبرگزاری مهر |تاریخ = |تاریخ بازبینی=}}</ref> اما با گذشت زمانی کوتاه و پس از ۴ سال فعالیت در این مجموعه به دلیل اختلاف با وی از استقلال جدا شد.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://cup.ir/sport/archive/487/view/28091 |عنوان=واکنش مدیر پروژه مستند حجازی به اظهارات مدیرعامل استقلال| ناشر =سایت ورزشی کاپ |تاریخ = |تاریخ بازبینی=}}</ref>
