مهدی بازرگان در 26۳۰ دی [[۱۳۷۳ خورشیدی]] در ضمن سفر درمانی، در [[زوریخ]] درگذشت و بعد از انتقال جسدپیکر او به تهران و تشییع از مقابل [[حسینیه ارشاد]]، در قم دفن شد. بنا به وصیت بازرگان، پیکرش در مقبره بیات در نزدیکی [[آرامگاه فاطمه معصومه]] و در کنار والدین و برخی از اقوامش به خاک سپرده شد.<ref>{{یادکرد وب|نشانی=http://tarikhirani.ir/fa/files/42/bodyView/425/خاطرات.سفر.ناتمام.آخرین.روز.زندگی.مهدی.بازرگان.به.روایت.دامادش.html |عنوان =بازرگان در آخرین روزهای حیات|ناشر= تاریخ ایرانی|تاریخ= ۱ بهمن ۱۳۸۹ |زبان=فارسی}}</ref> [[سید علی خامنه‌ای]]، [[رهبر ایران|رهبر جمهوری اسلامی ایران]]، در پی درگذشت مهدی بازرگان پیام تسلیت صادر کرد.<ref>{{یادکرد وب|نام خانوادگی=Khamenei.ir|تاریخ=1995-01-25|وبگاه=farsi.khamenei.ir|نشانی=http://farsi.khamenei.ir/message-content?id=30370|عنوان=پیام تسلیت در پی درگذشت مهندس بازرگان|بازبینی=2019-01-12}}</ref>
پس از درگذشت وی، [[بنیاد فرهنگی مهدی بازرگان]] متولی امور مربوط به آثار و افکار او است. از مهندس بازرگان ۱۰۵ عنوان کتاب منتشر شده‌است.<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://www.bazargan.com/main0.html| عنوان = فهرست آثار بازرگان - وبگاه رسمی مهندس مهدی بازرگان| تاریخ بازدید = ۲۵ ژوئن ۲۰۰۸}}</ref>
