احمد خمینی پس از مرگ پدرش با رأی و نظر خویش رهگشای انتخاب سید علی خامنه‌ای به رهبری شد. بر اساس نظر [[سید علی خامنه‌ای]] عضو [[مجمع تشخیص مصلحت نظام]] و [[شورای عالی امنیت ملی]] و [[شورای عالی انقلاب فرهنگی]] شد. عضویتش در نهادهای مذکور تا زمان مرگش ادامه داشت. او همچنین عضو هیئت امنای مرکزی [[کمیته امداد امام خمینی]] بود.<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://www.imam-khomeini.ir/fa/c2729/منتسبین/سید_احمد_خمینی/سید_احمد_خمینی_پس_از_رحلت_امام | عنوان = سید احمد خمینی پس از رحلت امام | ناشر = پرتال امام خمینی | زبان = فارسی}}</ref> او در همین زمان متنی بلند به نام [[رنج‌نامه]] در مورد توجیه عزل [[حسین‌علی منتظری]] از قائم مقامی رهبری منتشر کرد. خمینی در دومین دوره [[مجلس خبرگان رهبری]] نمایندگی استان تهران را بر عهده داشت.<ref>{{یادکرد کتاب | نام خانوادگی= | نام= | عنوان=خبرگان ملت: شرح حال نمایندگان مجلس خبرگان رهبری | نام ویراستار = | نام خانوادگی ویراستار = | پیوند ویراستار = | ناشر=دبیرخانهٔ مجلس خبرگان رهبری | مکان=قم | جلد=دوم | سال=۱۳۸۰ | شابک= | صفحه=240| نشانی=http://irandataportal.syr.edu/wp-content/uploads/second-assembly.pdf | زبان=fa}}</ref>
در دو سال آخر عمرش خلوت و تنهایی را ترجیح می‌داد و به خانه‌ای دورافتاده در بیابانی کویری (در منطقهٔ [[کوشک نصرت]] مابین تهران و قم) می‌رفت و تنی چند را نیز با خود می‌برد. قبل از رفتن، می‌گفت: «با آنکه بنا ندارم کسی آنجا بیاید اما هر وقت در رابطه با آثار امامپدرم کاری داشتید حتماً بیایید و ملاحظه خلوت مرا نکنید.»<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://www.imam-khomeini.ir/fa/c2730/منتسبین/سید_احمد_خمینی/خصائل_انسانی_ویژگیهای_اخلاقی_و_مراتب_علمی | عنوان = خصائل انسانی، ویژگیهای اخلاقی و مراتب علمی | ناشر = پرتال امام خمینی | زبان = فارسی}}</ref>
