در سویه جنوبی طبقه منفی یک، کتابخانه تخصصی قرار دارد که با وجود گنجایش ۳۰ هزار جلدی کتاب هم‌اکنون چهار هزارجلدهزار جلد کتاب را در حوزه‌های گوناگون مانند تفاسیر قرآنی، کتب علوم قرآنی و … را در خود جای داده است.<ref name="mehr" /> این کتابخانه تخصصی مجموعه‌ای بسیار غنی در زمینه کتب مرجع و علوم قرآنی را در سه طبقه و به گستره ۴۶۵ متر مربع را در خود جای داده است. تالار امانات نشریات، تالار مطالعه و مخزن، نمازخانه، سالن سمعی و بصری، محل فروش نشریات و تولیدات فرهنگی، فضاهای ویژه پذیرایی و استراحت نیز از دیگر بخش‌های موزه ملی قرآن کریم است. یک آمفی‌تئاتر ۴۰۰ نفره هم برای برگزاری مراسم، همایش و مجالس مختلف در حال ساخت است و هنوز به بهره‌برداری نرسیده است.<ref name="mehr" />
