{{نوشتار اصلی|برگزیدگی سید علی خامنهای به مقام رهبری}}
پیش از درگذشت خمینی، [[حسینعلی منتظری]] برای جانشینی او برگزیده شدهبود. در ۶ فروردین سال ۱۳۶۸ و همزمان با درگیری منتظری با نظام، روح اللهروحالله خمینی وی را از این سمت عزل کرد و سپس وی نیز استعفا داد.<ref>{{یادکرد خبر|نام = |نام خانوادگی = |همکاران = |پیوند = https://www.farsnews.com/news/13951225000940/نامه-امام-در-عزل-آقای-منتظری |عنوان = نامه امام در عزل آقای منتظری|اثر = | ناشر = [[خبرگزاری فارس]]|صفحه = |تاریخ = ۶ فروردین ۱۳۹۶|بازیابی = ۲۲ فوریهٔ ۲۰۱۹}}</ref> به گفته [[محمدرضا مهدوی کنی]] در کتاب خاطراتش، مسئلهٔ قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیشبینی نشدهبود. اما به دلیل مریضی و سالخوردگی خمینی، مجلس خبرگان پیشدستی کرد و موضوع قائم مقامی رهبری را پیشبینی نمود تا اگر حادثهای برای خمینی پیش بیاید کشور با خلأ روبهرو نشود.<ref>{{یادکرد خبر|نام = |نام خانوادگی = |همکاران = |پیوند = http://www.farsnews.com/printable.php?nn=13930730001209 |عنوان = مسئله محرمانهای که از نماز جمعه گفته شد+ صوت|اثر = | ناشر = [[خبرگزاری فارس]]|صفحه = |تاریخ = ۶ آبان ۱۳۹۳|بازیابی = ۲۱ آوریل ۲۰۱۸}}</ref>
پس از درگذشت روح اللهروحالله خمینی، در ۱۵ خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان جلسه فوق العاده ای تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت مطلق آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک [[مرجع تقلید]] بالفعل، که در آن زمان تنها [[سید محمدرضا گلپایگانی|گلپایگانی]] مطرح بود، بحث شد و توافق حاصل نگردید. نظر اکثریت آن بود که توان مدیریت سیاسی بر مرجعیت دینی اولویت دارد. قانون اساسی در آن زمان مرجعیت را از شرایط رهبری میدانست. خبرگان در این موضوع از [[شورای بازنگری قانون اساسی]] و استفساریه روح اللهروحالله خمینی مبنی بر ضروری نبودن شرط مرجعیت پیروی کرد. در ادامه، موضوع شورای رهبریای سه نفره مرکب از [[علی مشکینی]] و [[موسوی اردبیلی]] و سید علی خامنهای برای جانشینی سید روحالله خمینی پیشنهاد شد، که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. نهایتاً اغلب اعضا رأی به رهبری سید علی خامنه ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایسته این مقام نمی دانست.<ref name="lng40">{{یادکرد وب | عنوان=سال سرنوشت ساز ۶۸: تصویر آیتالله خامنهای در خاطرات هاشمی رفسنجانی | وبگاه=BBC Persian | تاریخ=2013-03-12 | سال=2013 | پیوند=http://www.bbc.com/persian/iran/2013/03/130304_l23_hashemi_rafsanjani_khamenei_khomeini_1368 | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2018-01-08}}</ref> سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که ۷۲ درصد کل اعضا را تشکیل میدادند، به رهبری سید علی خامنهای رای دادند.<ref>[https://www.porseman.com/article/چگونه-آيت-الله-خامنهاي-رهبر-شد؟/144300 چگونه آیتالله خامنهای رهبر شد؟] پرسمان</ref> در این جلسه هم چنین [[هاشمی رفسنجانی]] پیش از رایگیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.<ref>[http://www.aparat.com/v/RISrg فیلم جلسه نمایش داده شده در صدا و سیما] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20151224173723/http://www.aparat.com/v/RISrg |date=24 دسامبر 2015}}</ref>
در پی بازنگری قانون اساسی، در ۶ مرداد ۱۳۶۸ متن جدید از طریق همهپرسی به تصویب عمومی رسید و مرجعیت را از شروط رهبری حذف گردید. سپس، خبرگان رهبری مجدداً جلسه فوق العاده ای را در ۱۵ مرداد ماه آن سال تشکیل داد و با رأی موافق ۶۰ تن از ۶۴ تن از اعضای حاضر، رهبری سید علی خامنه ای را طبق قانون اساسی جدید مجدداً تصویب و تأیید کرد.<ref>[http://www.jahannews.com/report/580530/آیا-آیت-الله-خامنه-ای-رهبر-موقت-بودند-چند-نکته آیا آیتالله خامنهای رهبر موقت بودند؟!] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190109040104/http://www.jahannews.com/report/580530/آیا-آیت-الله-خامنه-ای-رهبر-موقت-بودند-چند-نکته |date=9 ژانویه 2019}}</ref><ref name="ugyyg">{{یادکرد وب | نام خانوادگی=رمضانپور | نام=علیاصغر | عنوان=خامنهای و لغو مرجعیت شیعه در ایران | وبگاه=رادیو فردا | تاریخ=2014-06-05 | سال=2014 | پیوند=https://www.radiofarda.com/a/f8--khamenei-and-maraje/25411151.html | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2018-01-08}}</ref>