شکست بایزید از برادرش سلیم و فرار او به ایران سبب بروز اختلافات بسیاری بین مردان و دستگاه حکومت عثمانی گردید و در [[سیاست خارجی]] امپراتوری عثمانی هم نقش بسیار مهمی را بازی کرد. این حادثه در آناتولی باعث اغتشاشات و دگرگونی‌های مهمی شد. همان‌طور پس از قرارداد صلحی که چند سال پیش در سال ۱۵۵۵ میلادی (۹۶۲ ه ق) بین ایران و عثمانی بسته شده بود، پناهندگی بایزید موضوع جدیدی بود که می‌توانست بر رابطهٔ این دو کشور تأثیرگذار باشد. شاه طهماسب در مورد پناهندگی بایزید اظهار داشته بود که این پناهندگی در واقع عطیه‌ای است که در مقابل پناهنده شدن [[القاص میرزا]] (در سال ۱۵۴۹ میلادی، ۹۵۶ ه ق) برادرش به امپراتوری عثمانی به وی اعطا شده‌است.<ref>{{پک|میرجعفری|۱۳۵۲|ف=پناهندگی شاهزاده بایزید به ایران (۹۶۹ - ۹۶۶ ه ق = ۱۵۶۲ - ۱۵۵۹ میلادی) (با استفاده از منابع مورخین عثمانی و ایرانی)|ص=۱۵}}</ref>
قبل از رسیدن بایزید به قزوین، سلطان سلیمان هدایای بسیاری را به دربار ایران فرستاد و از شاه طهماسب خواست که بایزید را به او تسلیم کند. قصد سلطان سلیمان از این سرعت عمل این بود که قبل از رسیدن بایزید به قزوین ذهن شاه طهماسب را نسبت به او بدبین سازد و ظاهراً در این اقدام موفق هم شد. بایزید به قزوین رسید و در ۱۵۵۹ میلادی (۲۱ محرم ۹۶۷ ه ق) با شاه طهماسب ملاقات کرد. سلطان سلیمان و پسرش سلیم به هر قیمتی بود خواستار استرداد و دست یافتن به بایزید و فرزندان او بودند، اما از طرف دیگر شاه طهماسب مایل به درافتادن و شروع جنگ دیگری با عثمانی بر سر پناه دادن به بایزید نبود. او سعی کرد میانه را بگیرد و پدر و پسر را آشتی دهد و به همین جهت نامه‌های متعددی بین شاه طهماسب و سلطان سلیمان مبادله شد که در تمامی این نامه‌ها سلیمان با اصرار خواستار تسلیم بایزید شده بود. همچنین برطبق [[صلح آماسیه]]، پناهندگان بایست به کشور خود عودت داده می‌شدند. سرانجام شاه طهماسب خود را ناگزیر دید که برای اجتناب از خطر درگیری با قوای عثمانی، پناهندهٔ خود را تسلیم کند.<ref>{{پک|اشراقی|۱۳۵۵|ف=در حاشیه پناهندگی بایزید شاهزاده عثمانی به دربار شاه طهماسب|ص=۱۳}}</ref>
تمهیدی که برای توقیف بایزید به کار رفت، این بود که او به توطئه‌چینی برای قتل شاه طهماسب و ارتباط با تجزیه‌طلبان ایران متهم شد. شاه طهماسب در تذکرهٔ خود می‌نویسد که «بایزید با حلوایی که از کشور خود آورده بود، تصمیم داشت ما را مسموم کند که به وسیلهٔ محمد عرب به حقیقت موضوع پی بردم.» هر چند در نامه‌ای که شاه طهماسب به سلیمان فرستاد، این‌طور معلوم است که تسلیم بایزید تنها به خاطر به دست آوردن رضایت سلطان بوده‌است.<ref>{{پک|اشراقی|۱۳۵۵|ف=در حاشیه پناهندگی بایزید شاهزاده عثمانی به دربار شاه طهماسب|ص=۱۳}}</ref>
