در زمان ریاست پاکروان بر ساواک پنج نخستوزیر ([[جعفر شریفامامی]]، [[علی امینی]]، [[اسدالله علم]]، [[حسنعلی منصور]] و [[امیرعباس هویدا]]) روی کار آمدند.
از حوادث مهم این دوران میتوان به برگزاری رفراندوم [[انقلاب سفید]] در ۶ بهمن ۱۳۴۱، حمله کماندوهای رژیم شاه به مدارس فیضیه قم و طالبیه تبریز در ۲ فروردین ۱۳۴۲، [[قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲]]، تبعید خمینی به ترکیه در ۱۳ آبان ۱۳۴۳ و ترور [[حسنعلی منصور]] در اول بهمن ۱۳۴۳ اشاره کرد.<ref>http://pahlaviha.com/show.php?page=9&id=370</ref>
در روز ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ پس از شورشهای [[خمینی]] علیه [[انقلاب سفید|انقلاب شاه و مردم]] به دستور [[اسدالله علم]] نخست وزیر وقتوقت، خمینی در منزلش در قم دستگیر شد و به تهران آورده شد. وی نخست به [[باشگاه افسران وزارت جنگ|باشگاه افسران]] و سپس به [[عمارت کلاهفرنگی عشرتآباد|پادگان عشرتآباد]] برده شد. سرلشکر حسن پاکروان در این هنگام رئیس سازمان اطلاعات و امنیت کشور بود. علم در یک مصاحبه مطبوعاتی با خبرنگاران خارجی گفت پانزده نفر از پیشوایان مذهبی به زودی تسلیم دادگاه نظامی میشوند. با کمک پاکروان و پیشنهاد دکتر [[مظفر بقائی|مظفر بقایی کرمانی]] رهبر کمیته مرکزی حزب زحمتکشان ایران و با امضای پنج روحانی از جمله [[آیتالله شریعتمداری]]، خمینی، آیتالله و در نتیجه غیرقابل توقیف (اعدام) شد. سرلشکر پاکروان در روز ۱۱ مرداد ماه به دیدار خمینی در پادگان عشرت آباد رفت و به وی گفت که آزاد است و وی را به ویلایی مجهز در منطقه [[داودیه]] منتقل کرد و آزادی و رفاه و آسایش وی را فراهم آورد. پس از کنارهگیری علم از پست نخست وزیری و در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۴۲ [[حسنعلی منصور]] نخست وزیر شد. منصور کوشش کرد که با روحانیون سازش کند و آیتالله خمینی را در تاریخ ۸ فروردین ۱۳۴۳ به قم بازگرداند. خمینی به سرلشکر پاکروان قول داد که<ref>Abbas Milani: Eminent Persians. Syracuse University Press, 2008, p. ۴۷۹.</ref>: {{نقل قول|من دیگر در سیاست بدان معنی که شما تعبیر میکنید دخالت نخواهم کرد.}}پس از [[s:سخنرانی سید روحالله خمینی در چهارم آبان ۱۳۴۳ در قم|سخنرانی سید روحالله خمینی در چهارم آبان ۱۳۴۳ در قم]] علیه تصویب [[s:قانون اجازه استفاده مستشاران امریکایی در ایران از مصونیتها و معافیتهای قرارداد وین|قانون اجازه استفاده مستشاران امریکایی در ایران از مصونیتها و معافیتهای قرارداد وین]] نوشته شده در بند دوم [[قرارداد وین درباره روابط سیاسی|کنوانسیون وین]] خمینی دستگیر شد.<ref>پزشک زاد، ایرج: مروری در واقعه ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، چاپ سوم، شرکت کتاب، لس انجلس، ۲۰۰۸ میلادی، ص. ۱۵۵-۱۵۷</ref> سرلشکر پاکروان نامهای به دولت ترکیه نوشت و از آنها تقاضا کرد که خمینی را به آنجا راه بدهند و دولت ترکیه موافقت کرد. در تارخ ۱۳ آبان ۱۳۴۳ آیتالله خمینی به [[ترکیه]] تبعید شد.<ref>Ehsan Naraghi: From Palast to Prison. I.B. Tauris 1994, p.۱۷۷.</ref> پس از چندی خمینی نامهای بسیار با احترام به پادشاه نوشت و تقاضا کرد که [[محمد رضا شاه پهلوی]] به وی اجازه دهد به نجف برود و در آنجا به یادگیری فقه ادامه دهد<ref>Memorirs of Fatemeh Pakravan Iranian Oral History Project, Center for Middle Eastern Studies, Harvard University, 1998. p. 36-48</ref>