مهدوی کنی، عضو هیئت امناء و ریاست دانشگاه امام صادق بود.
طبق اساسنامه جامعه الصادق كه به تاييد امام خميني ره رسيده بود،قانون، تولیت تماماین اموالدانشگاه جامعه و موسساتي علمي و فرهنگي كه داردیا بر عهده ولی فقیه بوده یا به انتخابامر وی، بر عهدهٔ هيات امناءنمایندهٔ استاوست. در زمان حیات [[سید روح‌الله خمینی]]، اعضاياین هیأت امنای اولیه 11 نفر بود که بعد از خروج آیت‌الله نوری همدانیامر به 10[[حسینعلی نفر تقلیل می یابند: «آیت‌الله خامنه ای، آیت‌الله منتظری، مهدوی کنی، امامی کاشانی، ابراهیم امینی، محمد علی نوید، رحیم خانیان، معینی، محمد یزدی و اسرافیلیان»منتظری]] که جزو هیئت امناء و هیئت مؤسس جامعه الصادقدانشگاه نیز بودند .[[تفویض]] رياستگردید عاليهو هيات امناي جامعهسپس با آيتاجماع اللهنظر منتظريهیئت بودامناء و رياستهمچنین دانشگاهآقای اماممنتظری صادقبه عليهعنوان السلامیکی بااز آيتاعضای اللهحقیقی مهدويهیئت كنيامناء .و پسهمچنین ازعضو اتفاقاتحقوقی سال68آن وهیئت، باتحت نظرعنوان آيتریاست اللهعالیه خامنهمادام اي،العمر رياستو عاليتولیت نيزدانشگاه بهو آيتموقوفات اللهوابسته، مهدويبر كنيانتخاب [[تفویض]]مهدوی گردیدکنی وبه تولیتریاست دانشگاه واین موقوفات وابسته،مسئولیت بر عهدهٔ وی قرار گرفت.
