در حین نبرد [[سوپرمن]] با ژنرال زاد (در فیلم [[مرد پولادین]]) ساختمان شرکت وین در متروپلیس نابود شده و یکی از دوستان [[بتمن|بروس وین]] کشته می‌شود. بروس از سوپرمن کینه به دل گرفته و در صدد نابودی وی برمی آید. با گذشت هجده ماه از حادثه متروپلیس سوپرمن خبرنگار روزنامه [[دیلی پلنت]] شده‌است. بروس که از حضورش به عنوان بتمن دو دهه می‌گذرد متوجه می‌شود یک کشتی در حال تحویل محموله‌ای حاوی کریپتونایت به [[لکس لوتر]] است. کریپتونایتکریپتونایت، سنگی سبز از سیاره کریپتون است که سلول‌های موجودات اهل این سیاره را تضعیف می‌کند. از طرفی سوپرمن با دیدن اخبار فعالیت‌های بتمن تصمیم می‌گیرد وی را از سر راه بردارد. لکس لوتر که از هویت هردوی آن‌ها آگاه است تلاش می‌کند این دو را با هم دشمن کنند. وی اجازه دسترسی به سفینه کریپتونی و جسد ژنرال زاد را به دست می‌آورد و تلاش می‌کند با استفاده از خون خودش و جسد زاد هیولایی عظیم به نام [[دومزدی]] برای کشتن سوپرمن خلق کند. بروس تلاش می‌کند اطلاعاتی دربارهٔ کشتی را از آنجا بدزد ولی زنی به نام [[زن شگفت‌انگیز|دایانا پرینسپرینسس]] اطلاعات را می‌دزدد.
فیلم ناگهان به زمان آینده می‌رود که سوپرمن بعد از مرگ همسرش تبدیل به دیکتاتور شده و پارادیمن‌هایی را تحت فرماندهی دارد. بتمن آینده در حین تحویل گرفتن کریپتونایت توسط پارادیمن‌ها دستگیر می‌شود و سرانجام سوپرمن قلب وی را از سینه بیرون می‌کشد. بعد از این اتفاقاتفاق، [[فلش (بری آلن)|ابرقهرمانی سرخ‌پوش ناشناس]]، از آینده به زمان حال سفر می‌کند و به بتمن می‌گوید که لویس لین کلید مشکل است (فیلم لیگ عدالت به این مسئله اشاره می‌کند) و از بتمن می‌خواهد که اعضای لیگ عدالت را پیدا کند.
بتمن در تعقیب محموله حاوی کریپتونایت است که سوپرمن ناگهان ظاهر شده و بت موبیلبت‌موبیل (اتومبیل بتمن) را به دیوار می‌کوبد و بتمن را تهدید می‌کند که از فعالیت‌هایش دست بردارد. سرانجام بتمن کریپتونایت را می‌دزدد و اطلاعات را از دیانا پس می‌گیرد.
بتمن متوجه می‌شود دیانادیانا، یک جنگجوی ۵۰۰۰ ساله آمازونی است و اطلاعاتی دربارهٔ سایر ابرقهرمانان جهان از جمله [[فلش (بری آلن)|فلش]]، [[آکوامن]] و [[سایبورگ (شخصیت کامیک)|سایبورگ]] به دست می‌آورد. از طرفی بمب‌گذاری در سنای آمریکا در حضور سوپرمن جای تردید در بتمن باقی نمی‌گذارد و بتمن با روشن کردن «[[بت سیگنال]]» سوپرمن را فرا می‌خواند. لکس لوتر مادر سوپرمن «مارتا کنت» و [[لوئیس لین]] معشوقه وی را می‌رباید. سوپرمن لوییس را نجات می‌دهد ولی لکس وی را تهدید می‌کند که فقط در صورت کشتن بتمن مادرش را آزاد می‌کند. بتمن تجهیزاتی از جمله فشنگ‌های حاوی کریپتونایت و نیزه کریپتونایتی را آماده می‌کند و سوپرمن به سمت شهر گاتهام پرواز می‌کند. سوپرمن ضمن اعلام اینکه هویت مخفی بتمن (بروس وین) را می‌شناسد تلاش می‌کند با وی صحبت کند ولی بتمن تله‌هایی برای وی به کار گذاشته و این باعث خشم سوپرمن می‌شود و در نهایت نبردی بین آن‌ها درمی‌گیرد. بتمن با استفاده از فشنگ کریپتونایتی سوپرمن را ضعیف می‌کند و وی را شکست می‌دهد. در آخرین لحظات وقتی بتمن در حال کشتن وی است سوپرمن از او در خواست می‌کند مارتا (مادرش) را نجات دهد. یکی بودن اسم مادر سوپرمن و بتمن باعث وارد شدن یک شوک احساسی به بروس وین شده و خاطرات بچگی و کشته شدن پدر و مادرش در جلوی چشمان خود را به یاد می‌آورد. این اتفاق باعث می‌شود کینه خود نسبت به سوپرمن را فراموش کند و دیگر او را تهدیدی نبیند. سوپرمن می‌خواهد مادرش را نجات دهد ولی بتمن از وی درخواست می‌کند سراغ لکس برود و مادرش را به او بسپارد. پس بتمن مادر سوپرمن را نجات می‌دهد و سوپرمن به سراغ لکس می‌رود که هیولایی به نام [[دومزدی (کمیک)|دومزدی]] خلق کرده‌است.
با آشوبی که دومزدی در شهر به پا می‌کند دیانا تصمیم می‌گیرد هویت ابرقهرمانی خود را آشکار کند و به کمک بتمن و سوپرمن می‌آید. در نهایت سوپرمن با نیزه کریپتونایتی به دومزدی ضربه می‌زد ولی دومزدی قبل از مرگ سوپرمن را می‌کشد. لکس لوتر دستگیرشده و سوپرمن در اسمالویل دفن می‌شود (ارتش با یک تابوت خالی برای وی مراسم نمادینی برگزار می‌کند). بتمن از دیانا می‌خواهد به وی کمک کند سایر ابرقهرمانان را نیز پیدا کند زیرا حس می‌کند آن‌ها باید بجنگند. لوییس مشتی خاک روی تابوت سوپرمن ریخته و از آنجا می‌رود. ادامه داستان در فیلم «[[لیگ عدالت (فیلم ۲۰۱۷)|لیگ عدالت]]» دنبال می‌شود.
