مجیدی در اولین فصل حضور خود در [[استقلال تهران]] همراه با این تیم قهرمان [[لیگ آزادگان]] در فصل ۷۷–۷۶۷۷–۱۳۷۶ شد. او در فصل بعد۷۸–۱۳۷۷ حضور خود دربه اینهمراه تیماستقلال به نایب قهرمانی جام باشگاه‌های آسیا و همچنین نایب قهرمانی لیگ آزادگان دست یافت. بعد از بازی جنجالی [[استقلال تهران]] و [[مقاومت سپاسی شیراز (باشگاه فوتبال)|فجر سپاسی]] در شیراز و محرومیت چند جلسه‌ای که نصیب وی شد، مجیدی راهی اتریش شد و به تیم [[راپید وین]] پیوست.<ref>[http://www.goal.com/iran/news/1825/ایران/2012/09/28/3409686/گزارش-ویژه-نگاهی-به-دوران-حرفه-ای-فرهاد-مجیدی نگاهی به دوران حرفه‌ای فرهاد مجیدی (سایت گل)]</ref>
