GnuPG در ابتدا توسط Werner Koch توسعه داده شد. نسخهنسخهٔ ۱٫۰٫۰ در تاریخ ۷ سپتامبر ۱۹۹۹ ارائه شد. وزارت اقتصاد و فناوری آلمان، بودجهبودجهٔ ایجاد راهنما و انتقال به ویندوز مایکروسافت در سال ۲۰۰۰ تأمین کرد. از آنجا که ابزار GnuPG سیستم سازگار با استاندارد OpenPGP است، تاریخچهتاریخچهٔ OpenPGP دارای اهمیت است. آن برای همکاری با PGP طراحی شده بود، برنامهبرنامهٔ رمزگذاری ایمیل در ابتدا توسط Phil Zimmermann طراحی و توسعه یافته بود. نسخهنسخهٔ ۲٫۰ در ۱۳ نوامبر ۲۰۰۶ منتشر شد. نگارش قدیمی ترقدیمی‌تر و پایدارتر شاخهشاخهٔ 1.x، آخرین نسخهنسخهٔ ژانویهژانویهٔ ۲۰۱۲ است، ۱٫۴٫۱۲ در موازات با GnuPG نسخهنسخهٔ ۲ ادامه پیدا خواهد کرد زیرا تغییرات قابل توجهی در معماری این برنامه به وجود خواهد آمد که برای هر هدفی متناسب نیست.
