آخوندی در تاریخ ۲۸ مهرماه ۱۳۹۷ با انتشار نامه استعفای قبلی خود به‌طور رسمی از وزارت راه و شهرسازی استعفا داد و رئیس‌جمهور نیز پذیرفت.<ref>[https://www.eghtesadnews.com/بخش-فید-اقتصادی-71/245858-عباس-آخوندی-وزیر-راه-استعفا-داد-نامه-استعفا عباس آخوندی، وزیر راه استعفا داد + نامه استعفا]</ref>
او در متن استعفانامه خود گفته بود که یکی از دلایل استعفایش عدم پایبندی دولت روحانی به سیاست های نئولیبرال بوده است، این در حالی بود که اوضاع وخیم مسکن در دوره او که بخش اعظم آن به اظهارات و رفتار مختلفش در رابطه با ضدیت با مسکن مهر بر می گشت خود از ارکان اصلی پایبندی به نئولیبرالیسم و کوچک سازی دولت و عدم دخالت دولت در ارائه خدمات اجتماعی به شهروندان بود.
تلاقی این استعفا با نامزد شهرداری شدن آخوندی گمانه زنی ها را در رابطه با زد و بند های سیاسی پشت پرده اصلاح طلبان و کارگزاران برای اجرای طرح های نئولیبرال در شهرداری را قوت می بخشید.
در کل او یکی از منفور ترین وزرای دولت روحانی در بین عامه و توده مردم به خاطر سیاستگذاری های اشتباه در حوزه مسکن بود که مجموعه این عوامل مافیای انبوه سازی (از جمله فرزند زندانی خود او) را فربه تر و خانه دار شدن را برای خیل عظیمی از مردم مستضعف به آرزو بدل کرد.
