پس از طی دوره سطح، در سال ۱۳۱۵ برای او جواز طلبگی صادر شد، ولی عبدالکریم یزدی برای اینکه درخواستی از حکومت رضاشاه نکرده باشد، در مورد صدور جواز طلبگی وی تقاضا و اقدامی نکرد. سپس وی به مدت ۱۵ سال در نزد آیات: [[سید محمد حجت کوه‌کمری]] و [[سید محمدتقی خوانساری|محمدتقی خوانساری]] خارج فقه و اصول فراگرفت (دفتر ادبیات انقلاب اسلامی، /۴۵۷).<ref name="ReferenceA"/> او پس از طی این دوره خود از مدرسین برجسته حوزه علمیه قم شد و تا آخر عمر به این امر اشتغال داشت.
== همراهی با امامروح‌الله خمینی ==
موقعیت علمی و انتساب او به بنیانگذار حوزه علمیه قم موجب شد، که در زمان زعامت آیت الله بروجردی همراه امامروح‌الله خمینی و [[سید احمد زنجانی]]، ابوالقاسم اصفهانی، باقر سلطانی، [[سید محمود روحانی]]، سیدزین‌العابدین کاشانی و ریحان‌الله گلپایگانی در هیئت مصلحین حوزه، برای انجام اصلاحات و ایجاد تحول در این مرکز دینی علمی اقدام کند، اما عدم همراهی بروجردی با آنان کار را در نیمه راه متوقف گرداند. همین موضوع سبب گردید که مرتضی حائری به حالت قهر قم را به مقصد [[مشهد]] ترک کند، که با دلجویی بروجردی مجبور به مراجعت شد. همچنین او پس از درگذشت بروجردی برای جلوگیری از تأخیر در پرداخت شهریه طلاب و سامان حوزه، جلسه‌ای با حضور علمای قم تشکیل داد.<ref>روحانی، سیدحمید، نهضت امامروح‌الله خمینی (ره)، ج ۲، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۱۳۷۶</ref>
مرتضی حائری یزدی با امامروح‌الله خمینی، رابطه‌ای دیرینه داشت؛ آنان به جز همکاری در هیئت مصلحین حوزه، هر روز هنگام غروب آفتاب، در مقبره [[شیخ فضل‌الله نوری]] در [[حرم فاطمه معصومه]]، با یکدیگر ملاقات و گفتگو می‌کردند. ازدواج دخترش با سید مصطفی خمینی، فرزند امامروح‌الله خمینی در سال ۱۳۳۵ بر این پیوند و ارتباط صحه گذاشت.<ref name="ReferenceA"/>
