در سال ۱۳۷۱ «قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا آجا» مسئولیت هماهنگی فعالیت‌های پدافند هوایی ارتش و سپاه را عهده‌دار شد.
قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا آجا که در این ساختار سازمانی هدایت و کنترل عملیاتی یگان‌های پدافند هوایی [[نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران|نیروهای مسلح ایران]] را بر عهدهبرعهده داشت، در دهم شهریور ماه سال ۱۳۸۷ خورشیدی برابر دستور فرماندهی[[فرمانده کل قوانیروهای مسلح ایران|فرمانده کل نیروهای مسلح]]، با مأموریت دفاع از هوا و فضای کشور ایران در مقابل تهدید هوائیهوایی و با ساختاری متفاوت سازماندهی و تقویت گردید. بعدها این روزروز، به عنوان «روز پدافند هوایی» شناخته شد.<ref>[https://www.tasnimnews.com/fa/keyword/1646/قرارگاه-پدافند-هوایی قرارگاه پدافند هوایی] خبرگزاری تسنیم</ref>
در ساختار تشکیلاتی جدید با تحویل گرفتن کامل یگانهاییگان‌های پدافند هوایی نیروی هوایی و اعمال فرماندهی کامل بر یگانهاییگان‌های مذکور، با در اختیار گرفتن فرماندهی اطلاعات و شناسایی، شبکه راداری، موشکیموشکی، و توپخانه ای وتوپخانه‌ای، دیده‌بانی و سامانه‌های پشتیبانی رزمی و عمومی یگان‌های مذکور، از طریق سامانه فرماندهی و کنترل پدافند هوایی (ADOC -SOC -CRC -CP) مسئولیت کنترل عملیات هوایی ایران را بر عهدهبرعهده داشته و کلیه جنگ‌افزارها و یگان‌های پدافند هوایی سپاه پاسداران و ارتش ایران نیز تحت فرامین عملیاتی قرارگاه پدافند هوایی قرار داشتند.<ref name="padafand-history">{{یادکرد وب|نویسنده=|نشانی=https://padafand.aja.ir/Portal/home/?24267/تاریخچه-پدافند-هوایی|عنوان=تاریخچه پدافند هوایی ایران|ناشر=تارنمای نیروی پدافند هوایی ارتش|تاریخ=|تاریخ بازبینی=۱۳۹۸-۰۳-۰۸}}{{پیوند مرده|date=آوریل 2021 |bot=InternetArchiveBot}}</ref><ref>{{یادکرد وب |نشانی = http://www.bbc.co.uk/persian/iran/2009/02/090214_mg_airforce_iran.shtml|عنوان =ساختار ارتش ایران تغییر می‌کند|ناشر = بی‌بی‌سی فارسی|تاریخ =۲۶ بهمن ۱۳۸۶}}</ref>
در خرداد ۱۳۹۸ [[نیروی پدافند هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران|نیروی پدافند هوایی ارتش]] از قرارگاه خاتم‌الانبیا آجا جدا شد و این قرارگاه مانند گذشته مسئولیت هماهنگی و بهره‌برداری از فعالیت‌های پدافند هوایی کلیه نیروهای مسلح ایران و کنترل شبکه یکپارچه فرماندهی پدافند هوایی ایران را بر عهدهبرعهده گرفت.<ref name="padafand-force">{{یادکرد وب |نویسنده =[[سید علی خامنه‌ای]] |نشانی=http://farsi.khamenei.ir/message-content?id=42680 |عنوان=انتصاب فرمانده قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیاء (ص) و فرمانده پدافند هوایی ارتش | ناشر =Khamenei.ir |تاریخ =2019-05-28 |تاریخ بازبینی=2019-05-29 |نشانی بایگانی=https://web.archive.org/web/20190528220513/http://farsi.khamenei.ir/message-content?id=42680|تاریخ بایگانی=2019-05-28}}</ref>
== فرمانده ==
اولین فرمانده این قرارگاه پس از قرار گرفتن زیر نظر [[آجاارتش جمهوری اسلامی ایران]] امیر، سرتیپ خلبان [[احمد میقانی]] بوده‌استبود.<ref>[https://www.aja.ir/portal/home/showpage.aspx?object=paper&categoryid=e1f7a4fb-eaa9-435b-b508-b4bcbcb6a236&webpartid=c7ba9b17-af76-4ee4-8051-2b2348daf3d5&id=f138dd38-0098-4355-9aba-5d9ec623ea4f آشنایی با فرماندهان پدافند هوایی؛ اولین فرمانده پدافند هوایی] پایگاه اطلاع‌رسانی نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران</ref>
در تاریخ ۵ بهمن ۱۳۸۹ امیر سرتیپ ستاد [[فرزاد اسماعیلی]] از سوی فرمانده کل ارتش ایران به فرماندهی این قرارگاه منصوب شد. وی در زمان انتصاب با ۳۹ سال سن یکی از جوان‌ترین فرماندهان، در [[نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران]] بوده‌است.<ref>[https://www.hamshahrionline.ir/news/216735/زندگینامه-فرزاد-اسماعیلی-۱۳۵۰ زندگینامه: فرزاد اسماعیلی (۱۳۵۰ -)] همشهری</ref>
در تاریخ [[۷ خرداد]] [[۱۳۹۸ (خورشیدی)|۱۳۹۸]] طی حکمی از سوی [[سید علی خامنه‌ای]] امیر، سرتیپ [[علیرضا صباحی‌فرد]] به عنوانبه‌عنوان فرمانده این قرارگاه منصوب شد.<ref>[https://www.mashreghnews.ir/news/962535/انتصاب-فرمانده-قرارگاه-پدافند-هوایی-خاتم-الانبیاء-ص انتصاب فرمانده قرارگاه پدافند هوایی خاتم الانبیاء (ص)] مشرق</ref>
رهبر جمهوری اسلامی ایران در هفتم خرداد ۱۳۹۸ [[سید عبدالرحیم موسوی|سرلشکر موسوی]] را با حفظ سمت فرماندهی کل ارتشارتش، به فرماندهی این قرارگاه منصوب کرد.<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=|وبگاه=خبرگزاری فارس|نشانی=https://www.farsnews.ir/news/13980307001225/رهبر-انقلاب-فرمانده-قرارگاه-خاتم‌الانبیا-و-فرمانده-پدافند-هوایی-ارتش|عنوان=رهبر انقلاب فرمانده قرارگاه خاتم‌الانبیا و فرمانده پدافند هوایی ارتش را منصوب کردند}}</ref>
[[سید علی خامنه‌ای]] در ۸ اردیبهشت ۱۴۰۰ طی حکمی [[امیر]] [[سرتیپ]] [[قادر رحیم‌زاده]] را به سمت فرماندهی قرارگاه مشترک پدافند هوایی خاتم‌الانبیاء منصوب کرد.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=انتصاب امیر سرتیپ قادر رحیم‌زاده به فرماندهی قرارگاه مشترک پدافند هوایی خاتم‌الانبیاء|نشانی=https://tn.ai/2493628|وبگاه=خبرگزاری تسنیم|تاریخ=2021-04-28|بازبینی=|کد زبان=fa}}</ref>
