::ریاست عالی بنیاد بر عهده [[آیت‌الله سید علی خامنه‌ای]] است. این بنیاد بنا به تصمیم ایشانوی در هنگام عهده‌داری نخستین دورهٔ ریاست جمهوری (۱۳۶۰-۱۳۶۴) تاسیس شد.
* '''هیئت امنا''':
::هیئت امنا مرکب از ۱۴ نفر استادان حوزه و دانشگاه ایران هستند: [[نصرالله پورجوادی]] (مديرمدیر عامل ١٣٦٩-١٣٦٤)، [[حداد عادل|غلامعلی حداد عادل]] (مديرمدیر عامل از ١٣٧٤ تاكنونتاکنون)، [[غلامعلی خوشرو]]، [[جعفر سبحانی]]، [[عبدالکریم سروش]] (١٣۸۵-١٣۶۲)، [[سید جعفر شهیدی]]، [[جمال الدین شیرازیان]]، [[حسن طارمی رادطارمی‌راد]] (معاون علمی از ۱۳۷۶)، [[ابوالقاسم گرجی]]، [[صادق لاریجانی]]، [[مهدی محقق|مهدی محقق]] (مديرمدیر عامل ۱۳۶۴-۱۳۶۲)، [[محمد هادی معرفت]] (مرحوم ۱۳۸۵-۱۳۷۵)، [[مصطفی ميرسليم|سيد مصطفی ميرسليممیرسلیم]] (رئيسرئیس هيئتهیئت امنا؛ مديرمدیر عامل ۱۳۷۴-۱۳۶۹) و [[علي اكبر ولايتی|علی اكبرعلی‌اکبر ولايتیولایتی]].
* '''هیئت مدیره''':
::هیئت مدیره مرکب از رئیس هیئت امنا، مدیر عامل و معاونان اوست.
