پایگاه داده چندریختی تک نوکلئوتید

پایگاه داده چندریختی تک نوکلئوتید
محتوا
توضیح	پایگاه داده چندریختی تک-نوکلئوتید
ارگانیسم‌ها	انسان
تماس
مرکز پژوهش	مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری
استناد ابتدایی	PMID 21097890
تاریخ انتشار	۱۹۹۸
دسترسی
قالب داده‌ها	ASN.1، فست ای، اکس‌ام‌ال
وب‌گاه	www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
نشانی اینترنتی دریافت	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/
نشانی اینترنتی خدمات وب	EUtils; SOAP

پایگاه داده چندریختی تک نوکلئوتید (انگلیسی: Single Nucleotide Polymorphism Database)^[۱] یک بایگانی رایگان همگانی برای تنوع ژنتیکی در گونه‌های مختلف است که توسط مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری (NCBI) و با همکاری مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان (NHGRI) راه‌اندازی شده‌است. با آنکه نام این وبگاه حاکی از وجود تنها یک نوع چندریختی (چندریختی تک-نوکلئوتید) است، اما در واقع محتوی انواع متفاوتی از گوناگونی‌های مولکولی است: (۱) چندریختی تک-نوکلئوتید، (۲) چندریختی‌های حذف و جایگیری‌های کوتاه یا indels/DIPs (۳) نشانگرهای میکروساتلیت یا توالی‌های تکراری کوتاه (STRs) (۴) چندریختی‌های چند نوکلئوتید (۵) توالی‌های هتروزیگوت (۶) گوناگونی‌های شناخته‌شده.^[۲] این وبگاه همچنین چندریختی‌های خنثی، چندریختی مرتبط با فنوتیپ‌های شناخته‌شده و نواحی بدون واریاسون را هم می‌پذیرد.

پایگاه داده چندریختی تک نوکلئوتید در سپتامبر ۱۹۹۸ و به عنوان مکملی برای ژن‌بانک مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری (بایگانی عمومی توالی‌های نوکلئیک اسید و پروتئین‌ها) ایجاد شد.^[۲]

در سال ۲۰۱۷ میلادی، مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری جمع‌آوری اطلاعات غیرانسانی را متوقف کرد.^[۳] نسخهٔ ۱۵۳ این پایگاه داده (اوت ۲۰۱۹) حاوی ۲ میلیارد ارسال دادهٔ ژنی است که حاکی از وجود بیش از ۶۷۵ میلیون گوناگونی در انسان خردمند است.

جستارهای وابسته ویرایش

منابع ویرایش

↑ Wheeler DL, Barrett T, Benson DA, et al. (January 2007). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D5–12. doi:10.1093/nar/gkl1031. PMC 1781113. PMID 17170002.
↑ ^۲٫۰ ^۲٫۱ Sherry ST, Ward M; Sirotkin, K. (1999). "dbSNP - database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation". Genome Research. 9 (8): 677–679. doi:10.1101/gr.9.8.677 (inactive 2020-08-25). PMID 10447503.{{cite journal}}: CS1 maint: DOI inactive as of اوت 2020 (link)
↑ "Phasing out support for non-human genome organism data in dbSNP and dbVar". 2017-05-09. Retrieved 9 July 2017.

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «DbSNP». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۲۹ اکتبر ۲۰۲۰.

[1] Wheeler DL, Barrett T, Benson DA, et al. (January 2007). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D5–12. doi:10.1093/nar/gkl1031. PMC 1781113. PMID 17170002.

[Sherry2-2] ۲٫۰ ^۲٫۱ Sherry ST, Ward M; Sirotkin, K. (1999). "dbSNP - database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation". Genome Research. 9 (8): 677–679. doi:10.1101/gr.9.8.677 (inactive 2020-08-25). PMID 10447503.{{cite journal}}: CS1 maint: DOI inactive as of اوت 2020 (link)

[3] "Phasing out support for non-human genome organism data in dbSNP and dbVar". 2017-05-09. Retrieved 9 July 2017.

[۱]

[۲]

[۳]