کی‌دی‌ئی‌ال

کِـی‌دی‌ئی‌اِل (انگلیسی: KDEL) یک توالی پپتید هدف در پستانداران و گیاهان است^[۱]^[۲] که در ریشهٔ کربوکسیلِ ساختارِ آمینو اسیدی پروتئین واقع شده‌است. این توالی اجازه نمی‌دهد که پروتئین از شبکه آندوپلاسمی ترشح شده و بیرون برود و سبب تسهیل بازگشت پروتئین در صورت خروج تصادفی آن می‌شود. پروتئین‌هایی که موتیف کی‌دی‌ئی‌ال کارآمدی داشته باشند، طی فرایند «انتقالِ برگشت‌دهنده» از دستگاه گلژی به مجرای شبکه آندوپلاسمی بازگردانده می‌شوند.^[۳] این توالی سبب بازگشت پروتئین‌ها از مکان‌های دیگری نیز چون سیتوپلاسم به شبکه آندوپلاسمی می‌شود. پروتئین‌ها فقط زمانی می‌توانند از شبکه آندوپلاسمی بیرون بروند که این توالی‌شان بریده و جدا شود.

ویدئویی از سلول‌های هِـلا که با ۱۶۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر از سم eGFP-RTA ترکیب شده است. ویدئو ۳۰ دقیقه پس از ترکیب با سم و سرعت فیلم‌برداری ۴۵ فریم در ساعت است.^[۴]

حروف کی‌دی‌ئی‌ال برگرفته از حروف اختصاصی درنظر گرفته‌شده برای ۴ اسید آمینه است. این روش نام‌گذاری در سال ۱۹۸۳ توسط آیوپاک و اتحادیه بین‌المللی بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی پیشنهاد شد و به قرار زیر است:

بنابراین، توالی کی‌دی‌ئی‌ال در سیستم کُدگذاری سه‌حرفی به این شکل است: Lys-Asp-Glu-Leu.

تا زمانی که یک پروتئین در ریشهٔ کربوکسیل خود حاوی توالی کِـی‌دی‌ئی‌اِل است، محکوم به ماندن در درون شبکه آندوپلاسمی است.

نمونه مشابه در گیاهان و مخمرها ویرایش

توالی مشابهی به نام اچ‌دی‌ئی‌ال، وظیفه‌ای مشابه کی‌دی‌ئی‌ال را در مخمرها به عهده دارد.^[۵] در گیاهان از هر دو توالی اچ‌دی‌ئی‌ال و کی‌دی‌ئی‌ال استفاده می‌شود.^[۲]^[۱]

حروف اچ‌دی‌ئی‌ال به اسید آمینه‌های زیر اشاره دارد:

کُد سه‌حرفی به این صورت است: His-Asp-Glu-Leu.

منابع ویرایش

↑ ^۱٫۰ ^۱٫۱ Denecke J.; De Rycke R.; Botterman J. (Jun 1992). "Plant and mammalian sorting signals for protein retention in the endoplasmic reticulum contain a conserved epitope". EMBO Journal. 11 (6): 2345–2355. doi:10.1002/j.1460-2075.1992.tb05294.x. PMC 556702. PMID 1376250.
↑ ^۲٫۰ ^۲٫۱ Napier R.M.; Fowke L.C.; Hawes C.; Lewis M.; Pelham H.R. (Jun 1992). "Immunological evidence that plants use both HDEL and KDEL for targeting proteins to the endoplasmic reticulum". Journal of Cell Science. 102: 261–271. PMID 1383243.
↑ Mariano Stornaiuolo; Lavinia V. Lotti; Nica Borgese; Maria-Rosaria Torrisi; Giovanna Mottola; Gianluca Martire; Stefano Bonatti (March 2003). "KDEL and KKXX Retrieval Signals Appended to the Same Reporter Protein Determine Different Trafficking between Endoplasmic Reticulum, Intermediate Compartment, and Golgi Complex". Molecular Biology of the Cell. 14 (3): 369–377. doi:10.1091/mbc.E02-08-0468. PMC 151567. PMID 12631711.
↑ Becker, Björn; Shaebani, M. Reza; Rammo, Domenik; Bubel, Tobias; Santen, Ludger; Schmitt, Manfred J. (June 29, 2016). "Cargo binding promotes KDEL receptor clustering at the mammalian cell surface". Scientific Reports. 6: 28940. arXiv:1712.06151. Bibcode:2016NatSR...628940B. doi:10.1038/srep28940. ISSN 2045-2322. PMC 4926219. PMID 27353000.
↑ Dean N.; Pelham HR. (Aug 1990). "Recycling of proteins from the Golgi compartment to the ER in yeast". The Journal of Cell Biology. 111 (2): 369–377. doi:10.1083/jcb.111.2.369. PMC 2116185. PMID 2199456.

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «KDEL (amino acid sequence)». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۱۴ مارس ۲۰۲۱.

این یک مقالهٔ خرد زیست‌شناسی مولکولی است. می‌توانید با گسترش آن به ویکی‌پدیا کمک کنید.

[:2-1] ۱٫۰ ^۱٫۱ Denecke J.; De Rycke R.; Botterman J. (Jun 1992). "Plant and mammalian sorting signals for protein retention in the endoplasmic reticulum contain a conserved epitope". EMBO Journal. 11 (6): 2345–2355. doi:10.1002/j.1460-2075.1992.tb05294.x. PMC 556702. PMID 1376250.

[:3-2] ۲٫۰ ^۲٫۱ Napier R.M.; Fowke L.C.; Hawes C.; Lewis M.; Pelham H.R. (Jun 1992). "Immunological evidence that plants use both HDEL and KDEL for targeting proteins to the endoplasmic reticulum". Journal of Cell Science. 102: 261–271. PMID 1383243.

[3] Mariano Stornaiuolo; Lavinia V. Lotti; Nica Borgese; Maria-Rosaria Torrisi; Giovanna Mottola; Gianluca Martire; Stefano Bonatti (March 2003). "KDEL and KKXX Retrieval Signals Appended to the Same Reporter Protein Determine Different Trafficking between Endoplasmic Reticulum, Intermediate Compartment, and Golgi Complex". Molecular Biology of the Cell. 14 (3): 369–377. doi:10.1091/mbc.E02-08-0468. PMC 151567. PMID 12631711.

[:1-4] Becker, Björn; Shaebani, M. Reza; Rammo, Domenik; Bubel, Tobias; Santen, Ludger; Schmitt, Manfred J. (June 29, 2016). "Cargo binding promotes KDEL receptor clustering at the mammalian cell surface". Scientific Reports. 6: 28940. arXiv:1712.06151. Bibcode:2016NatSR...628940B. doi:10.1038/srep28940. ISSN 2045-2322. PMC 4926219. PMID 27353000.

[5] Dean N.; Pelham HR. (Aug 1990). "Recycling of proteins from the Golgi compartment to the ER in yeast". The Journal of Cell Biology. 111 (2): 369–377. doi:10.1083/jcb.111.2.369. PMC 2116185. PMID 2199456.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]