یونی‌پروت

یونی‌پروت (به انگلیسی: UniProt) یک پایگاه داده آزاد و همگانی از ساختار اولیه پروتئین و اطلاعات عملکردی آنان است که داده‌های خود را از پروژه‌های توالی‌نگاری ژن‌ها می‌گیرد. این پایگاه داده، مخزن عظیمی از اطلاعات دربارهٔ عملکرد زیست‌شناختی پروتئین‌هاست که از مقالات پژوهش‌ی استخراج شده‌است. پشتیبانی و حفظ این پایگاه داده به عهدهٔ «کنسرسیوم یونی‌پروت» است که متشکل از چندین سازمان اروپایی بیوانفورماتیک و یک مؤسسهٔ آمریکایی در واشینگتن، دی.سی. است که در سال ۲۰۰۲ در کنار هم جمع شدند و این کنسرسیوم را پدیدآوردند.[۲] پایگاه دادهٔ UniProt در دسامبر ۲۰۰۳ میلادی با همکاری این نهادهای علمی راه‌اندازی شد.[۳]

یونی‌پروت
UniProt (logo).png
محتوا
توضیحیونی‌پروت یک منبع جامع پروتئین‌هاست، یک مخزن مرکزی از داده‌های پروتئین‌ها که توسط چندین پایگاه داده علمی تأمین می‌شود.
گونه‌های داده‌های
گرفته‌شده
توضیح، تفسیر و حاشیه‌نگاری پروتئین‌ها
ارگانیسم‌هاهمگی
تماس
مرکز پژوهشEMBL-EBI، بریتانیا؛ SIB، سوئیس؛ PIR، ایالات متحده آمریکا.
استناد ابتداییکنسرسیوم یونی‌پروت[۱]
دسترسی
قالب داده‌هافایل یک‌سطحی سفارشی (Custom flat file)، FASTA, GFF، RDF، XML.
وب‌گاهwww.uniprot.org
www.uniprot.org/news/
نشانی اینترنتی دریافتwww.uniprot.org/downloads و برای دانلود مجموعهٔ اطلاعات کامل ftp.uniprot.org
نشانی اینترنتی خدمات وببله – رابط برنامه‌نویسی کاربردی جاوا برای اطلاعات بیشتر اینجا را ببینید
انتقال بازنمودی حالت اینجا را ببینید.
ابزارها
وبجستجوی پیشرفته، بلاست، کلاستال O، بازیافت در حجم زیاد/دانلود، نقشه‌برداری از شناسه‌ها
گوناگون
پروانهکرییتیو کامنز
ارجاع - بدون اشتقاق
نسخه‌بندیبله
تناوب انتشار داده‌ها۸ هفته
سیاست گزینشبله – به‌طور دستی و اتوماتیک. قواعد حاشیه‌نگاری اتوماتیک توسط متصدیان وبگاه و الگوریتم‌های کامپیوتری تعیین می‌شود.
نهادهای قابل بوکمارکبله – هم ورودی‌های منفرد پروتئین و جستجوها

بودجه و پشتیبانی مالی این پایگاه داده‌ها، توسط مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان، مؤسسه ملی سلامت، کمیسیون اروپا، دولت فدرال سوئیس، caBIG و وزارت دفاع ایالات متحده آمریکا تأمین می‌شود.[۴]

منابعویرایش

  1. UniProt, Consortium. (January 2015). "UniProt: a hub for protein information". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D204–12. doi:10.1093/nar/gku989. PMC 4384041. PMID 25348405.
  2. "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database". National Human Genome Research Institute (NHGRI). Archived from the original on 24 September 2015. Retrieved 14 April 2018.
  3. Apweiler, R.; Bairoch, A.; Wu, C. H. (2004). "Protein sequence databases". Current Opinion in Chemical Biology. 8 (1): 76–80. doi:10.1016/j.cbpa.2003.12.004. PMID 15036160.
  4. Uniprot, C. (2009). "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D142–D148. doi:10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944. PMID 19843607.