ChEBI
موجودیت‌های شیمیایی مورد علاقه در زیست‌شناسی، یا به اختصار، "ChEBI"[۱][۲]یک پایگاه داده شیمیایی و هستی‌شناسی از موجودیت‌های مولکولی متمرکز بر ترکیبات شیمیایی «کوچک» است که بخشی از تلاش هستی‌شناسی‌های زیست‌پزشکی باز (OBO) در مؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا (EBI) است. اصطلاح «موجودیت مولکولی» اشاره می‌کند به: هر «اتم، مولکول، یون، جفت یون، رادیکال، یون رادیکال، کمپلکس، صورت‌بندی و غیره که به‌عنوان موجودیت جداگانه‌ای قابل تشخیص است و از نظر ساختاری یا ایزوتوپی متمایز است.»[۳] موجودیت‌های مولکولی مورد بحث یا محصولات طبیعی یا محصولات مصنوعی هستند که دارای زیست‌فعالی بالقوه هستند. مولکول‌هایی که مستقیماً توسط ژنوم کدگذاری می‌شوند، مانند اسیدهای نوکلئیک، پروتئین‌ها و پپتیدهای مشتق شده از پروتئین‌ها توسط برش پروتئولیتیک، به‌عنوان یک قاعده در ChEBI گنجانده نمی‌شوند.
| محتوا | |
|---|---|
| توضیح | پایگاه داده شیمیایی |
| گونه‌های داده‌های گرفته‌شده | ترکیبات شیمیایی کوچک |
| تماس | |
| مرکز پژوهش | European Molecular Biology Laboratory  |
| آزمایشگاه | European Bioinformatics Institute  |
| استناد ابتدایی | de Matos et alخطای یادکرد: برچسب <ref> غیرمجاز؛ نام‌های غیرمجاز یا بیش از اندازه (). |
| دسترسی | |
| وب‌گاه | www |
| نشانی اینترنتی دریافت | ftp |
| نشانی اینترنتی خدمات وب | www |
| نقطهٔ پایانی اسپارکل | BIO2RDF |
| ابزارها | |
| وب | www |
| گوناگون | |
| تناوب انتشار داده‌ها | ماهانه |
| سیاست گزینش | Manually curated |
ChEBI از نام‌گذاری، نمادگرایی و اصطلاحات تأیید شده توسط اتحادیه بین‌المللی شیمی محض و کاربردی (آیوپاک) و کمیتهٔ نام‌گذاری اتحادیه بین‌المللی بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی (NC-IUBMB) استفاده می‌کند.
دامنه و دسترسی ویرایش
تمام داده‌های این پایگاه داده، غیر اختصاصی هستند یا از یک منبع غیر اختصاصی مشتق شده‌اند؛ بنابراین آزادانه در دسترس همه هستند. علاوه بر این، هر مورد داده، کاملاً قابل ردیابی است و صریحاً به منبع اصلی ارجاع داده شده و با پایگاه‌های دادهٔ دیگری مانند ChEMBL، کم‌اسپایدر، دراگ‌بنک، MetaboLights و پاب‌کم مرتبط است.[۲][۱]
منابع ویرایش
- ↑ ۱٫۰ ۱٫۱ Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D344-50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057.
- ↑ ۲٫۰ ۲٫۱ de Matos, Paula; Alcántara, Rafael; Dekker, Adriano; Ennis, Marcus; Hastings, Janna; Haug, Kenneth; Spiteri, Inmaculada; Turner, Steve; Steinbeck, Christoph (2009-10-23). "Chemical Entities of Biological Interest: an update". Nucleic Acids Research (به انگلیسی). 38 (suppl_1): D249–D254. doi:10.1093/nar/gkp886. ISSN 0305-1048.
- ↑ IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version: (2006–) "molecular entity".