هیئت امنای جهاد دانشگاهی که یکی از ارکان جهاد است به عنوان «عالی‌ترین مرجع سیاستگذاریسیاست‌گذاری» این نهاد شناخته می‌شود. ترکیب هیئت امنا عبارت است از جهارچهار عضو جهاد دانشگاهی، جهارچهار نمایندهٔ دولت و نفر نهمنهم، نمایندهٔ رهبری در دانشگاهدانشگاه‌هاست؛ هاست؛ لذابنابراین ترکیب هیئت امنا به شدت تابع تغییرات سیاسی و تغییرات در دولت است؛ بنابرایناست. در دوران [[محمود احمدی‌نژاد]] کل اعضای هیئت امنا تغییر یافت. چرا که با تغییر در نمایندهٔ رهبری در دانشگاهی ه‌هادانشگاه‌ها و تغییر در دولت، نمایندگان دولت در هیئت امنا تغییر یافتند و به تبع آن ریاست جهاد دانشگاهی و در پی آن اعضای جهاد دانشگاهی در هیئت امنا نیز تغییر یافتندکردند. در حال حاضر هیئت امناامنای جهاد دانشگاهی از افراد زیر تشکیل شده‌است:
* [[حمیدرضا طیبی]] (رئیس جهاد دانشگاهی و رئیس هیئت امنا)
