پیکرشناسی غشایی

پیکرشناسی غشایی یا توپولوژی غشایی (به انگلیسی: Membrane topology) یک پروتئین تراغشایی به مکان‌های N- و C-پایه‌های زنجیره پلی‌پپتیدی پوشاننده غشاء با توجه به طرف‌های درونی یا بیرونی غشای زیستی اشغال‌شده توسط پروتئین اشاره دارد.^[۲]

چندین پایگاه داده پیکرشناسی‌های آزمایشی تعیین‌شده پروتئین‌های غشایی را ارائه می‌دهند. آنها عبارتند از یونی‌یروت، تی‌اوپی‌دی‌بی (TOPDB),^[۳]^[۴]^[۵] اوپی‌ام (OPM) و اِکس‌توپودی‌بی (ExTopoDB).^[۶]^[۷] همچنین پایگاه داده‌ای از دامنه‌ها وجود دارد که به صورت محافظه‌کارانه در سمت خاصی از غشاها قرار دارند، تاپ‌دام (TOPDOM).^[۸]

همچنین می‌توان پیکرشناسی پروتئین‌های غشایی بتا-بشکه را پیش‌بینی کرد.^[۹]^[۱۰]

منابع

↑ Goder, Veit; Spiess, Martin (31 August 2001). "Topogenesis of membrane proteins: determinants and dynamics". FEBS Letters. 504 (3): 87–93. doi:10.1016/S0014-5793(01)02712-0. PMID 11532438.
↑ von Heijne, Gunnar (December 2006). "Membrane-protein topology". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 7 (12): 909–918. doi:10.1038/nrm2063. PMID 17139331.
↑ Tusnády, Gábor E.; Kalmár, Lajos; Simon, István (1 January 2008). "TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins". Nucleic Acids Research. 36 (suppl_1): D234–D239. doi:10.1093/nar/gkm751. PMC 2238857. PMID 17921502.
↑ Dobson, László; Langó, Tamás; Reményi, István; Tusnády, Gábor E. (28 January 2015). "Expediting topology data gathering for the TOPDB database". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D283–D289. doi:10.1093/nar/gku1119. PMC 4383934. PMID 25392424.
↑ ". :TOPDB:". topdb.enzim.hu.
↑ Tsaousis, Georgios N.; Tsirigos, Konstantinos D.; Andrianou, Xanthi D.; Liakopoulos, Theodore D.; Bagos, Pantelis G.; Hamodrakas, Stavros J. (1 October 2010). "ExTopoDB: a database of experimentally derived topological models of transmembrane proteins". Bioinformatics. 26 (19): 2490–2492. doi:10.1093/bioinformatics/btq362. PMID 20601677.
↑ "ExTopoDB - Index". bioinformatics.biol.uoa.gr.
↑ ". :TOPDOM:". topdom.enzim.hu.
↑ Tsirigos, Konstantinos D.; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (1 September 2016). "PRED-TMBB2: improved topology prediction and detection of beta-barrel outer membrane proteins". Bioinformatics. 32 (17): i665–i671. doi:10.1093/bioinformatics/btw444. PMID 27587687.
↑ Savojardo, Castrense; Fariselli, Piero; Casadio, Rita (15 February 2013). "BETAWARE: a machine-learning tool to detect and predict transmembrane beta-barrel proteins in prokaryotes". Bioinformatics. 29 (4): 504–505. doi:10.1093/bioinformatics/bts728. PMID 23297037.

[1] Goder, Veit; Spiess, Martin (31 August 2001). "Topogenesis of membrane proteins: determinants and dynamics". FEBS Letters. 504 (3): 87–93. doi:10.1016/S0014-5793(01)02712-0. PMID 11532438.

[2] von Heijne, Gunnar (December 2006). "Membrane-protein topology". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 7 (12): 909–918. doi:10.1038/nrm2063. PMID 17139331.

[3] Tusnády, Gábor E.; Kalmár, Lajos; Simon, István (1 January 2008). "TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins". Nucleic Acids Research. 36 (suppl_1): D234–D239. doi:10.1093/nar/gkm751. PMC 2238857. PMID 17921502.

[4] Dobson, László; Langó, Tamás; Reményi, István; Tusnády, Gábor E. (28 January 2015). "Expediting topology data gathering for the TOPDB database". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D283–D289. doi:10.1093/nar/gku1119. PMC 4383934. PMID 25392424.

[5] ". :TOPDB:". topdb.enzim.hu.

[6] Tsaousis, Georgios N.; Tsirigos, Konstantinos D.; Andrianou, Xanthi D.; Liakopoulos, Theodore D.; Bagos, Pantelis G.; Hamodrakas, Stavros J. (1 October 2010). "ExTopoDB: a database of experimentally derived topological models of transmembrane proteins". Bioinformatics. 26 (19): 2490–2492. doi:10.1093/bioinformatics/btq362. PMID 20601677.

[7] "ExTopoDB - Index". bioinformatics.biol.uoa.gr.

[8] ". :TOPDOM:". topdom.enzim.hu.

[9] Tsirigos, Konstantinos D.; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (1 September 2016). "PRED-TMBB2: improved topology prediction and detection of beta-barrel outer membrane proteins". Bioinformatics. 32 (17): i665–i671. doi:10.1093/bioinformatics/btw444. PMID 27587687.

[pmid_23297037-10] Savojardo, Castrense; Fariselli, Piero; Casadio, Rita (15 February 2013). "BETAWARE: a machine-learning tool to detect and predict transmembrane beta-barrel proteins in prokaryotes". Bioinformatics. 29 (4): 504–505. doi:10.1093/bioinformatics/bts728. PMID 23297037.

[۲]

[۱]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]

[۷]

[۸]

[۹]

[۱۰]