پی‌فَـم (انگلیسی: Pfam‎) که در انگلیسی برگرفته از عبارت «Protein families» است، یک پایگاه داده از خانواده‌های پروتئین است که حاوی توصیف و توضیح‌نویسی و همچنین هم‌ترازسازی چند توالی است که با استفاده از مدل پنهان مارکوف ایجاد شده‌است.[۱][۲][۳] جدیدترین نسخهٔ پی‌فَـم، نسخهٔ ۳۳٫۱ است که در ماه مه ۲۰۲۰ میلادی به‌روزرسانی شد و ۱۸٬۲۵۹ خانوادهٔ پروتئینی را در بر می‌گیرد.[۴]

Pfam
Pfam logo.gif
محتوا
توضیحارائهٔ هم‌ترازسازی‌ها و مدل‌های پنهان مارکوف برای دومِـین‌های پروتئین
گونه‌های داده‌های
گرفته‌شده
خانواده‌های پروتئین
ارگانیسم‌هاتمامی جانداران
تماس
مرکز پژوهشمؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا
استناد ابتداییPubMed
دسترسی
قالب داده‌هاقالب استکهلم
وب‌گاهpfam.xfam.org
نشانی اینترنتی دریافتFTP 1 FTP 2
گوناگون
پروانهگنو ال‌جی‌پی‌ال
نسخه۳۳٫۱
نهادهای قابل بوکمارکبله

پژوهشگران با مراجعه به پی‌فَـم می‌توانند برای هر خانوادهٔ پروتئینی، این موارد را ببینند:

  • توصیف هر خانوادهٔ پروتئینی
  • مشاهدهٔ هم‌ترازسازی چند توالی
  • دیدن ساختار دومین پروتئین
  • بررسی توزیع گونه‌ای
  • ردگیری و تعقیب پیوندها به سایر پایگاه‌های داده
  • مشاهدهٔ ساختمان‌های شناخته‌شدهٔ پروتئین‌ها

جستارهای وابستهویرایش

منابعویرایش

  1. Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D281–8. doi:10.1093/nar/gkm960. PMC 2238907. PMID 18039703.
  2. Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, S. R.; Sonnhammer, E. L.; Bateman, A. (Jan 2006). "Pfam: clans, web tools and services" (Free full text). Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D247–D251. doi:10.1093/nar/gkj149. ISSN 0305-1048. PMC 1347511. PMID 16381856.
  3. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. (2004). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): 138D–1141. doi:10.1093/nar/gkh121. ISSN 0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378.  
  4. Finn, Rob; Mistry, Jaina (8 March 2017). "Pfam 31.0 is released". Xfam Blog. Retrieved 13 March 2017.